医院合同制员工的工资是否由第三方发放，这并非一个具有固定答案的问题，而是取决于医院与员工之间的合同约定以及医院的管理模式。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定角度：
- 如果医院与合同制员工在劳动合同中明确约定了工资由第三方（如人力资源公司、财务代理公司等）发放，那么医院就有权按照合同约定，通过第三方来发放员工的工资。
- 反之，如果劳动合同中没有这样的约定，或者约定了由医院直接发放工资，那么医院就不能擅自将工资发放责任转嫁给第三方。
医院管理模式角度：
- 有些医院可能出于管理便利、成本考虑或专业分工等原因，选择将工资发放等人力资源管理工作外包给第三方机构。在这种情况下，合同制员工的工资确实可能由第三方发放。
- 然而，也有许多医院选择自行管理员工工资发放等事务，以确保对员工薪酬的直接控制和及时调整。在这种情况下，工资则由医院直接发放给员工。
法律合规性角度：
- 无论工资由谁发放，医院都必须确保工资发放的合法性和合规性。这包括遵守国家关于工资支付、社会保险缴纳等方面的法律法规，以及确保员工能够按时、足额地收到工资。
- 如果医院选择通过第三方发放工资，那么医院还需要与第三方签订详细的委托协议，明确双方的权利和义务，以确保工资发放的顺利进行。
建议与注意事项：
- 对于合同制员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资发放的部分，确保自己的权益得到保障。
- 如果医院提出通过第三方发放工资，员工可以要求医院提供相关的法律依据和合同条款说明，以了解这一做法的合法性和合理性。
- 如果员工对工资发放方式有疑问或不满，可以及时与医院的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求解决方案。
可能产生的法律后果：
- 如果医院未经员工同意擅自将工资发放责任转嫁给第三方，或者第三方在发放工资过程中存在违法行为（如拖欠工资、克扣工资等），员工有权向医院或相关部门投诉举报，并依法维护自己的合法权益。
综上所述，医院合同制员工的工资是否由第三方发放取决于多种因素。如果您对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。