厂房二次转租在符合法定条件且履行相关义务的情况下是合法的，同时也可以开具发票。以下从合法性和发票开具两方面进行详细分析：

合法性分析

1. 需经原出租人同意
   根据《民法典》第七百一十六条规定，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。若未经原出租人书面或明确同意，二次转租行为可能构成违约，原出租人有权解除合同并要求赔偿损失。
   例外情形：若原租赁合同中已明确约定允许转租，或原出租人明知转租事实但未在6个月内提出异议，则转租行为可能被认定为有效。

2. 转租期限限制
   转租期限不得超过原租赁合同剩余期限。例如，若原合同剩余租期为3年，转租合同期限超过3年的部分无效，超出部分承租人可能需承担违约责任。

3. 合同效力与权利义务
   二次转租后，原承租人（即转租人）仍需对原出租人履行租赁合同义务（如支付租金、维护厂房等）。若次承租人违约（如损坏厂房），原出租人有权直接要求原承租人承担责任，原承租人可再向次承租人追偿。

发票开具分析

1. 转租人需具备纳税资格
   若转租人为企业或个体工商户，且已办理税务登记，可向次承租人开具增值税发票（税率通常为9%或5%，具体取决于厂房性质）。
   若转租人为个人：根据《增值税暂行条例》，个人出租不动产（含转租）可向税务机关申请代开增值税普通发票，但需缴纳相应税款（如个人所得税、增值税等）。

2. 发票类型与税率

   • 增值税专用发票：适用于一般纳税人，可抵扣进项税额（需满足税务合规要求）。
     
   • 增值税普通发票：适用于小规模纳税人或个人，不可抵扣进项税额。
     税率提示：若厂房为2016年4月30日前取得，可选择简易计税方法按5%征收率计税；若为之后取得，一般按9%计税（具体以当地税务机关规定为准）。

3. 合规风险防范

   • 转租人需确保租金收入已依法申报纳税，避免偷逃税款风险。
     
   • 次承租人应要求转租人提供合法发票，否则可能无法在企业所得税前扣除租金支出，导致税务损失。

实务建议

1. 转租前：

   • 核查原租赁合同是否允许转租，并取得原出租人书面同意；
     
   • 评估转租期限是否超过原合同剩余期限；
     
   • 明确转租合同中的权利义务划分（如维修责任、违约责任等）。

2. 发票开具时：

   • 转租人应保留完税凭证，证明租金收入已纳税；
     
   • 次承租人应核对发票信息（如开票方名称、税号、金额等）与合同一致。

3. 争议解决：
   若因转租合法性或发票问题产生纠纷，可依据《民法典》《税收征收管理法》等法律，通过协商、诉讼或仲裁途径解决。

如有进一步疑问（如具体合同条款设计、税务筹划等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。