针对您提出的“公司厂房出租可以不开发票吗合法吗”这一问题，以下是我的详细解答：
一、基本原则与法律要求
首先，我们需要明确的是，根据经济交易的基本原则和税务管理规定，“谁销售、谁开票；谁提供服务、谁开票”。在公司厂房出租的情境中，公司作为厂房的出租方，是租赁合同的主体，因此理应由公司向承租方开具发票。这是确保合同主体与发票开具主体一致性的基本要求，也是遵守税务管理规定的重要体现。
二、不开发票的法律风险
如果公司选择不开发票，这可能会带来一系列的法律风险。从税务角度来看，不开发票可能导致公司无法准确核算和缴纳应纳税款，从而面临税务处罚的风险。同时，对于承租方而言，没有发票作为合法的凭证，可能无法进行正常的财务报销和税务抵扣，进而影响其财务和税务处理的合规性。
三、特殊情况下的开票处理
虽然原则上应由公司开具发票，但在某些特殊情况下，如果公司设有分公司，且分公司满足一定的条件，如实际发生交易、独立核算、完成税务登记并具备开票资格等，那么分公司在特定条件下可以代公司开具发票。然而，这种情况需要严格遵守税务管理规定，并确保业务真实性和发票内容的准确性。此外，即使分公司可以代开发票，也需要经过税务机关的批准或报备，以确保操作的合规性。
四、合法合规的建议
为了确保公司厂房出租的税务处理合法合规，我建议您采取以下措施：
由公司直接开具发票：作为厂房的出租方，公司应直接向承租方开具发票，以确保合同主体与发票开具主体的一致性。
确保业务真实性：在开具发票时，必须确保业务真实发生，发票内容与实际业务相符，严禁虚开、伪造发票等违法行为。
遵守税收法规：公司应按照规定的税率和税目开具发票，并及时足额缴纳应纳税款，以避免税务处罚的风险。
咨询专业税务顾问或律师：如果公司对于税务处理存在疑问或不确定的情况，建议咨询专业的税务顾问或律师，以获取专业的指导和建议，确保操作的合规性。
综上所述，公司厂房出租时原则上应由公司开具发票，以确保税务处理的合法合规性。不开发票可能带来法律风险，因此不建议采取这种做法。在特殊情况下，如果分公司需要代开发票，也必须严格遵守税务管理规定，并确保业务真实性和发票内容的准确性。