机关事业单位在起诉工伤赔偿纠纷时，并不必然以人事争议为案由，具体取决于单位性质及法律适用情况。以下从不同角度详细分析：

1. 机关单位与事业单位的区分

• 机关单位（如政府机关、党群组织等）：
  根据《工伤保险条例》及《公务员法》，公务员或参照公务员管理的工作人员因工受伤的，通常通过行政程序（如申请工伤认定、伤残等级鉴定）主张权益，而非直接提起民事诉讼。若对工伤认定或赔偿有争议，可能通过行政复议或行政诉讼解决，案由为“工伤认定行政行为纠纷”或“行政给付纠纷”，而非人事争议。
• 事业单位：
  事业单位工作人员分为编制内和编制外两类：
  • 编制内人员：若适用《事业单位人事管理条例》，因工受伤的赔偿纠纷可能被认定为人事争议（如工资、福利、工伤待遇等），案由为“人事争议纠纷”。
  • 编制外人员：若与单位签订劳动合同，则适用《劳动合同法》及《工伤保险条例》，纠纷性质为劳动争议，案由为“工伤保险待遇纠纷”。

2. 法律适用的核心依据

• 人事争议的法律依据：
  根据《最高人民法院关于人民法院审理事业单位人事争议案件若干问题的规定》，事业单位与工作人员之间因辞职、辞退及履行聘用合同所发生的争议，适用《劳动法》处理，但案由明确为“人事争议”。若工伤赔偿纠纷涉及聘用合同履行（如未缴纳工伤保险导致单位赔偿），可能以此为案由。
• 劳动争议的法律依据：
  若事业单位编制外人员或企业职工因工伤赔偿与单位发生纠纷，直接适用《劳动争议调解仲裁法》，案由为“工伤保险待遇纠纷”，需先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服方可起诉。

3. 实务中的常见操作

• 机关单位：
  通常不涉及“起诉”环节，而是通过行政程序主张权利。例如，公务员对工伤认定结论不服的，可申请行政复议或提起行政诉讼。
• 事业单位：
  
  • 编制内人员：若单位未依法支付工伤待遇，可能以“人事争议”为由起诉，但需注意部分地区法院可能将此类纠纷纳入劳动争议范畴。
  • 编制外人员：明确以“劳动争议”为案由，需经过劳动仲裁前置程序。

4. 建议与风险提示

• 明确单位性质与用工形式：
  起诉前需确认单位是机关、事业单位还是企业，以及自身是否属于编制内人员，以选择正确的法律路径。
• 优先通过行政或仲裁程序解决：
  工伤赔偿纠纷通常需先申请工伤认定、劳动能力鉴定，并经过劳动仲裁（劳动争议）或行政复议（机关单位），直接起诉可能因程序瑕疵被驳回。
• 咨询专业律师：
  若对案由选择或程序有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情（如单位性质、用工合同、受伤经过等）提供针对性建议。

总结：机关事业单位起诉工伤赔偿纠纷的案由需根据单位性质、用工形式及法律适用综合判断，可能为“人事争议纠纷”或“工伤保险待遇纠纷”。建议先明确自身身份及单位类型，再选择合适的维权路径。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。