结论：员工擅自离岗后在公司死亡是否赔偿，需根据具体情况判断，主要涉及是否构成工伤以及公司是否存在过错两大方面。以下从这两个角度进行详细分析：
一、是否构成工伤
工伤认定标准：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤的认定通常要求员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害。若员工擅自离岗，即不在工作时间或工作场所内，且非因工作原因受到伤害，则一般不构成工伤。
- 但若员工擅自离岗后，在返回工作场所途中或因工作相关事务（如取工作资料、与客户沟通等）受到伤害，且能证明该伤害与工作有直接关联，则可能构成工伤。
特殊情况：
- 若员工擅自离岗后，在公司内因公司设施、设备存在安全隐患或公司管理不善等原因导致死亡，即使非工作时间或非工作原因，公司也可能因未尽到安全保障义务而承担一定责任。
二、公司是否存在过错
公司过错认定：
- 若公司能够证明员工擅自离岗是违反公司规章制度的行为，且公司已尽到合理的安全管理义务，如设置警示标识、提供安全培训等，则公司一般不承担赔偿责任。
- 若公司存在过错，如未提供安全的工作环境、未及时修复存在安全隐患的设施设备、未对员工进行必要的安全培训等，导致员工死亡，则公司需承担相应的赔偿责任。
赔偿责任范围：
- 若公司存在过错，赔偿责任范围通常包括死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费等。具体赔偿金额需根据当地法律法规、员工工资水平、家庭情况等因素综合确定。
- 计算公式示例（以死亡赔偿金为例）：死亡赔偿金=受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准×赔偿年限（通常为20年，但60周岁以上的，年龄每增加1岁减少1年；75周岁以上的，按5年计算）。
三、建议与措施
公司层面：
- 加强员工安全教育，提高员工安全意识，减少擅自离岗等违规行为。
- 完善公司安全管理制度，明确员工职责和安全规范，确保员工在工作过程中遵守相关规定。
- 定期对公司设施设备进行检查和维护，及时消除安全隐患。
员工家属层面：
- 若认为公司存在过错导致员工死亡，可收集相关证据（如现场照片、监控视频、证人证言等）向公司提出索赔要求。
- 若与公司协商无果，可向当地劳动保障部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
总结：员工擅自离岗后在公司死亡是否赔偿，需根据具体情况判断是否构成工伤以及公司是否存在过错。公司应加强安全管理，员工家属在认为公司存在过错时，可积极收集证据并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。