公积金全部从员工工资中扣除是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与解读
缴存组成：
- 根据《住房公积金管理条例》的相关规定，职工住房公积金由职工个人缴存和单位缴存两部分共同组成。这意味着，公积金的缴存是职工和单位共同的责任，而非全部由职工承担。
- 职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%，有条件的城市可适当提高，但最高一般不超过12%。这一规定明确了缴存比例的范围，确保了公积金缴存的公平性和合理性。
代扣代缴：
- 职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴。然而，这并不意味着公积金的全部金额都从职工工资中扣除。单位同样需要承担其应缴存的公积金部分。
权益归属：
- 职工个人缴存的住房公积金和单位为职工缴存的住房公积金，都属于职工个人所有。这一规定明确了公积金的权益归属，保护了职工的合法权益。
二、实际影响分析
加重职工负担：
- 若公积金全部从工资中扣除，职工将承担本应由单位承担的缴存部分，导致实际到手工资减少，生活成本相对增加，经济压力加大。这显然对职工不利，违背了公积金制度设立的初衷。
损害职工权益：
- 单位逃避缴存责任，将公积金全部从工资中扣除，损害了职工的合法权益。公积金制度是为了提供住房保障和福利，单位的行为违背了这一制度的目的。
三、解决措施与建议
与单位协商：
- 职工应首先尝试与单位进行友好协商，解释相关法律法规，要求单位按规定比例缴存公积金，纠正错误做法。通过沟通协商，往往可以解决问题，避免不必要的法律纠纷。
投诉举报：
- 若协商无果，职工可向住房公积金管理中心投诉举报。该中心有权对单位缴存行为进行监督检查，并依法责令改正。这是维护职工权益的有效途径之一。
法律途径：
- 职工还可向劳动部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位归还多扣的工资，并确保未来按规定缴存公积金。在必要时，职工还可以通过法律诉讼来维护自己的合法权益。
查询与监督：
- 职工和单位有权查询本人及本单位住房公积金的缴存、提取情况。住房公积金管理中心及受委托银行不得拒绝。职工应积极行使这一权利，监督单位的缴存行为，确保自己的权益不受侵害。
综上所述，公积金全部从工资中扣除是违反《住房公积金管理条例》的。职工应了解自身权益，通过合法途径维护自己的合法权益。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。