结论：员工因职务侵占罪被判缓刑后继续在公司工作，公司发放工资需结合劳动合同、公司规章制度、缓刑考验期表现及法律规定综合判断，具体分以下情况处理：
1. 劳动合同与规章制度未明确约定或规定
若劳动合同或公司规章制度未对“员工被判缓刑后工资发放”作出明确约定，根据《劳动合同法》第三十条，公司应按原劳动合同约定支付工资。
- 法律依据：缓刑是刑罚执行方式，员工未被剥夺劳动权利，公司不得仅因“被判缓刑”单方面降低或停发工资。
- 例外情形：若员工因缓刑被限制从事特定岗位（如财务、管理），公司可依法调整岗位，但调整后的工资需符合“同工同酬”原则，不得恶意降薪。
2. 劳动合同或规章制度有明确约定
若劳动合同或公司规章制度明确规定“员工被判缓刑后，公司可暂停发放工资或降低工资标准”，需分情况判断效力：
- 合法情形：若约定内容不违反法律强制性规定（如不低于当地最低工资标准），且员工在签订劳动合同时已知悉并同意，公司可按约定执行。
- 违法情形：若约定内容违反《劳动合同法》第二十五条（禁止约定除服务期、竞业限制外的违约金）或第二十六条（免除法定责任、排除劳动者权利的条款无效），则该约定无效，公司仍需按原标准支付工资。
3. 缓刑考验期表现影响工资发放
若员工在缓刑考验期内存在严重违反公司规章制度、失职或再次违法等行为，公司可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，此时无需支付工资；若未解除合同，公司不得以“缓刑”为由单方面停发工资，但可因员工实际工作表现（如出勤、绩效）调整工资。
- 操作建议：公司应保留员工缓刑考验期内的考勤记录、工作评价等证据，以证明工资调整的合理性。
4. 特殊情形：员工被依法追究刑事责任
根据《劳动合同法》第三十九条，若员工被依法追究刑事责任，公司可解除劳动合同且无需支付经济补偿。但需注意：
- 缓刑是否属于“被追究刑事责任”：司法实践中，缓刑属于刑罚执行方式，员工仍被认定为“被追究刑事责任”，公司可解除合同。
- 解除合同后的工资：若公司选择解除合同，工资应支付至解除之日；若选择继续留用，则需按前述规则支付工资。
实务建议
- 审查合同与制度：公司应检查劳动合同、规章制度中是否对“缓刑员工工资发放”有明确约定，避免违法风险。
- 合法调整岗位：若员工因缓刑无法从事原岗位，公司可依法调整岗位，但需与员工协商一致并书面确认。
- 保留证据：对员工缓刑考验期内的表现（如出勤、绩效）进行记录，作为工资调整或解除合同的依据。
- 咨询专业意见：若涉及复杂情形（如高管、关键岗位员工），建议提前咨询律师，制定合规方案。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。