结论：公司章程可以规定总经理由股东会聘任，但这一规定需符合法律法规的强制性要求，并且在实际操作中需确保公司治理结构的合法性和有效性。
详细分析：
公司治理结构的一般原则：
- 在公司治理结构中，股东会、董事会和经理层（包括总经理）各自承担着不同的职责和权力。股东会作为公司的最高权力机构，主要负责审议批准公司的重大事项；董事会则负责公司的日常经营决策；而总经理则负责执行董事会的决策，管理公司的日常运营。
- 通常情况下，总经理是由董事会决定聘任或解聘的。这是公司治理结构中的常规做法，有助于确保公司决策的科学性和有效性。
公司章程的特殊规定：
- 公司章程作为公司内部治理的基本法律文件，可以对公司的组织结构、职权分配等事项作出特别规定。因此，如果公司章程明确规定总经理由股东会聘任，那么这一规定将具有法律效力。
- 然而，这种特殊规定并不常见，且在实际操作中需要谨慎处理。因为总经理的聘任通常涉及到公司的日常经营管理，由董事会聘任更符合公司治理的分权与制衡原则。
法律法规的强制性要求：
- 无论公司章程如何规定，都必须遵守法律法规的强制性要求。例如，《公司法》等相关法律法规对总经理的聘任程序、职权等都有明确规定。
- 如果公司章程的规定与法律法规相冲突，那么该规定将被视为无效。因此，在制定公司章程时，必须确保所有条款都符合法律法规的要求。
实际操作中的注意事项：
- 如果公司章程确实规定总经理由股东会聘任，那么在实际操作中需要确保这一规定的合法性和有效性。例如，需要明确股东会聘任总经理的具体程序、职权范围等，以避免出现管理混乱或决策失误的情况。
- 同时，总经理作为公司的高级管理人员，需要向董事会负责（即使由股东会聘任），并在董事会的授权下执行董事会的战略决策。因此，在实际操作中需要确保总经理与董事会之间的有效沟通和协作。
法律建议：
- 在制定或修改公司章程时，如果考虑规定总经理由股东会聘任，建议先咨询专业律师的意见，以确保该规定的合法性和有效性。
- 在实际操作中，如果确实采用了这种特殊规定，需要建立健全的公司治理机制，确保总经理与董事会之间的有效沟通和协作，以维护公司的整体利益和长远发展。
可能法律后果：
- 如果公司章程的规定与法律法规相冲突，或者在实际操作中未能确保公司治理结构的合法性和有效性，可能会面临法律纠纷、管理混乱等风险。因此，在制定和执行公司章程时，必须谨慎处理相关事项。
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