结论：能否单独起诉代理人，需根据代理人身份及具体案情综合判断，以下分情况说明：

1. 若代理人为普通民事代理人（如朋友、亲属无偿代理）
   根据《民法典》第161-165条，普通代理人仅以被代理人名义实施法律行为，法律后果由被代理人承担。若代理人未履行协助索取发票的附随义务（如合同未明确约定），通常无法单独起诉代理人，而应直接起诉交易相对方（如商家）要求开具发票或赔偿损失。
   例外：若代理人存在故意隐瞒、与商家串通等过错，且导致您无法取得发票造成实际损失（如无法抵扣税款），可依据《民法典》第1165条起诉代理人承担侵权赔偿责任，但需举证其过错与损失的因果关系。

2. 若代理人为律师、会计师等有偿专业代理人
   根据《律师法》第54条、《注册会计师法》第42条，专业代理人若因故意或重大过失未履行合同义务（如未督促商家开具发票），您可依据《民法典》第929条起诉其承担违约责任，或依据《民法典》第1165条起诉其承担侵权责任（二者择一）。
   关键点：需证明代理人存在“未尽专业注意义务”的过错（如未在合同中明确发票条款、未及时跟进索取），且该过错与您无法取得发票的损失存在直接因果关系。

3. 若代理人为税务机关工作人员（如税务代理）
   根据《税收征收管理法》第79条，税务代理人未履行法定职责（如未协助办理发票领用手续），您可向其所在税务机关投诉，或依据《行政诉讼法》第12条提起行政诉讼，但通常无法直接起诉代理人个人，除非其存在贪污受贿等刑事犯罪行为。

行动建议：

1. 立即收集证据：包括代理合同、沟通记录、交易凭证、损失证明（如税款无法抵扣的税务机关通知）；
   
2. 书面催告代理人及交易相对方限期开具发票，保留催告记录；
   
3. 根据代理人身份及证据情况，选择起诉交易相对方（主张合同义务）或代理人（主张过错责任），或同时起诉二者要求承担连带责任；
   
4. 若涉及专业代理人，可同步向其行业协会投诉（如律师协会、注册会计师协会），增加维权压力。

温馨提示：发票问题可能涉及税务行政处罚（如商家未开具发票可被罚款），您也可向当地税务局举报（拨打12366），通过行政途径督促商家开具发票，再视情况决定是否启动民事诉讼。如有进一步证据或案情细节，欢迎随时向我咨询。