针对您提出的“长时间病假年度绩效怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要话题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据法律规定，用人单位在员工休病假期间，应当保障其合法权益，这包括支付病假工资或疾病救济费。关于病假期间的绩效工资处理，这并非一个简单的“扣”或“不扣”的问题，而是需要根据具体情况来综合判断。
一、病假期间绩效工资的处理原则
依据劳动合同和公司规定：
- 劳动者与公司签订的劳动合同中，通常会明确工资构成、绩效考核方式以及病假期间的工资待遇等条款。
- 公司内部也可能有相关的规章制度，对病假期间的绩效工资处理做出具体规定。
合法性与合理性：
- 公司在处理病假期间绩效工资时，必须确保其行为不违反法律法规的规定。
- 同时，处理方式也应当合理，不能过分苛刻或歧视病假员工。
二、病假期间绩效工资的具体处理方式
全额发放：
- 如果员工在病假期间仍然能够完成部分或全部工作任务，且其工作表现符合绩效考核标准，那么公司应当全额发放其绩效工资。
部分发放：
- 如果员工因病假导致工作表现受到影响，无法完全达到绩效考核标准，那么公司可以根据实际情况，部分发放其绩效工资。但具体扣除比例和方式，应当在公司规章制度中明确，并确保合法合理。
不发放：
- 在极少数情况下，如果员工因长期病假完全无法工作，且其病假期间的工作表现明显不符合绩效考核标准，那么公司可能会考虑不发放其绩效工资。但这种情况必须严格符合法律法规和公司规章制度的规定，且应当事先与员工进行充分沟通。
三、病假期间绩效工资处理的注意事项
沟通与协商：
- 公司在处理病假期间绩效工资时，应当与员工进行充分沟通，解释处理方式和原因，确保员工理解并接受。
- 如果员工对处理方式有异议，公司应当积极协商，寻求双方都能接受的解决方案。
遵守法律法规：
- 公司在处理病假期间绩效工资时，必须严格遵守相关法律法规的规定，如《劳动法》、《劳动合同法》等。
- 不得以病假为由，非法扣除员工的绩效工资或其他福利待遇。
完善公司制度：
- 公司应当建立完善的工资和绩效考核制度，明确病假期间绩效工资的处理方式和标准。
- 这样可以在处理类似问题时，有明确的依据和流程可循，减少争议和纠纷的发生。
四、实际案例参考
以您提供的案例为例，如果员工因病假被扣除全部绩效工资，但其在未休假的期间仍然为公司提供了正常产出，那么这种处理方式可能就不太合理。员工有权要求公司根据其实际工作表现和绩效考核标准，部分或全额发放其绩效工资。
综上所述，长时间病假期间的年度绩效处理是一个复杂而敏感的问题。公司在处理时应当遵循合法、合理、公平的原则，与员工进行充分沟通协商，并严格遵守相关法律法规和公司规章制度的规定。如果您对此仍有疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业的劳动法律人士或相关部门。