店长应首先明确公司关于假期申请的规章制度，并根据具体情况采取相应措施。具体来说，可以分以下几种情况处理：

1. 公司制度明确禁止跨级申请假期
   如果公司制度明确规定假期申请必须逐级审批，店长应首先与员工沟通，说明制度要求，并引导员工按照正常流程向直属上级申请假期。若员工坚持跨级申请，店长可拒绝审批，并提醒员工遵守公司规定，避免因违反制度而可能面临的纪律处分。

2. 公司制度未明确禁止跨级申请假期，但存在管理惯例
   如果公司制度未明确禁止跨级申请，但公司内部存在逐级审批的管理惯例，店长可以与员工沟通，了解其跨级申请的原因（如直属上级不在、紧急情况等）。若原因合理，店长可临时审批，但应建议员工后续补全直属上级的审批流程，以维护管理秩序。若原因不合理，店长可引导员工按惯例操作。

3. 公司制度允许跨级申请假期，或存在特殊情况
   如果公司制度明确允许跨级申请假期（如紧急情况、直属上级无法联系等），店长应直接审批，并记录相关情况，确保流程合规。若员工因特殊情况（如突发疾病、家庭紧急事务等）需要跨级申请，店长应体现人文关怀，优先处理申请，并协助员工解决后续问题（如补交证明材料等）。

额外建议：

• 店长可借此机会审查公司假期申请制度是否存在漏洞或不明确之处，并向人力资源部门提出完善建议，以减少类似争议。
  
• 若员工频繁跨级申请假期，店长应关注其工作状态或团队管理问题，及时与员工或直属上级沟通，避免影响团队效率。
  

如有其他具体情境或法律疑问，欢迎随时向我咨询。