结论：运输公司驾驶员离职后，其在职期间产生的违章原则上应由驾驶员本人处理，但在特定条件下可由公司法人或授权人员代为处理。以下分情况说明：

1. 驾驶员在职期间违章的处理责任

根据《道路交通安全法》及相关规定，交通违章行为的法律责任主体是实际驾驶人。即使驾驶员已离职，其在职期间产生的违章仍需由本人承担行政责任（如罚款、扣分等）。运输公司作为车辆所有人或管理人，有义务督促驾驶员处理违章，但无法直接替代驾驶员承担行政处罚。

2. 法人或公司代为处理的条件

若驾驶员离职后拒绝配合处理违章，公司可通过以下途径解决：

• 授权委托：若驾驶员在职时或离职后签署书面授权委托书，明确授权公司法人或指定人员代为处理违章（如缴纳罚款、接受扣分等），则公司可凭授权文件代为办理。
  法律依据：根据《民法典》第161条，民事主体可通过代理人实施民事法律行为。
• 公司承担连带责任的情况：若违章导致公司承担民事赔偿责任（如交通事故赔偿），公司可先行赔付后向驾驶员追偿，但行政处罚仍需驾驶员本人承担。

3. 实务建议

• 预防措施：
  
  • 在劳动合同或驾驶员管理协议中明确约定“驾驶员需自行处理在职期间的违章，否则公司有权从工资或押金中扣除罚款”；
    
  • 离职时要求驾驶员签署《违章处理承诺书》，限期处理完毕并承担后果。
    
• 处理流程：
  
  • 若驾驶员失联或拒不配合，公司可向交警部门说明情况，提供在职证明、车辆使用记录等证据，申请延期处理或协调解决；
    
  • 涉及扣分的违章，需驾驶员本人到场处理（部分地区支持线上学习抵分，可协商由驾驶员完成）。

4. 风险提示

• 公司若未经驾驶员授权代为处理违章（如伪造签名），可能涉嫌行政违法或民事侵权；
  
• 若违章未及时处理导致车辆年检受阻或产生滞纳金，公司可能面临运营损失，需通过法律途径向驾驶员追偿。

总结：法人代为处理驾驶员离职违章需以驾驶员授权为前提，否则公司应通过协商、追偿或法律途径解决。建议运输公司完善驾驶员管理制度，从源头规避风险。如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节向我咨询。