结论：加班工资未计入岗位工资总额，在大多数情况下是违法的，因为加班工资是劳动者在超出正常工作时间后应得的额外报酬，不应被忽略或未计入。不过，具体是否违法还需结合实际情况来判断，比如是否存在特殊工时制度等。
一、加班工资的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位安排劳动者加班时，必须按照以下标准支付加班费：
工作日加班：劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，用人单位应支付不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%的工资报酬。
休息日加班且无补休：劳动者在休息日工作且不能安排补休的，用人单位应支付不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%的工资报酬。
法定休假日加班：劳动者在法定休假节日工作的，用人单位应支付不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%的工资报酬。
二、加班工资未计入岗位工资的违法性分析
一般情况：在大多数情况下，加班工资是劳动者应得的额外报酬，应当明确计入工资总额中。如果用人单位未将加班工资计入岗位工资，那么很可能构成违法，因为这相当于未足额支付劳动者的劳动报酬。
特殊工时制度：然而，也存在一些特殊情况。例如，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制或不定时工作制的企业，其加班工资的计算和支付方式可能有所不同。在综合计算工时制下，如果在一个综合计算周期内，实际工作时间总量未超过法定标准工作时间总量，即使某一具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），也不视为加班，无需支付加班费。在不定时工作制下，对于因工作性质无法按标准工作时间衡量的劳动者，如企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等，一般不执行加班工资的规定。但需要注意的是，这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的批准，并且用人单位需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准。
三、劳动者如何维护自己的权益
如果劳动者发现加班工资未计入岗位工资，可以通过以下方式维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定支付加班工资，并出示加班的相关证据，如考勤记录、工作任务安排及完成情况等。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉用人单位的违法行为。劳动监察部门将进行调查，并有权责令用人单位限期支付加班工资及可能的赔偿金。
申请劳动仲裁：若投诉仍未能解决问题，劳动者可以直接向劳动仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据来支持自己的诉求，包括加班证据、工资条、劳动合同等。仲裁裁决具有法律效力，用人单位必须履行。
四、实际建议
保留证据：劳动者应妥善保存与加班相关的证据，如考勤记录、工作任务单、加班申请单等，以便在需要时证明自己的加班情况。
了解法律法规：劳动者应了解自己的权益和用人单位的义务，以便在发现违法行为时能够及时采取措施维护自己的权益。
及时咨询：如果劳动者对加班工资的计算或支付方式有疑问，或者发现用人单位存在违法行为，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和帮助。
总之，加班工资未计入岗位工资在大多数情况下是违法的，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，并通过协商、投诉或仲裁等方式来维护自己的合法权益。