关于政府要求返还借支工程款中超支部分是否存在诉讼时效的问题，结论是：该请求存在诉讼时效的限制，但具体适用情况需结合请求权基础及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，若政府要求返还超支工程款，需在知道或应当知道超支事实之日起三年内主张权利，否则可能丧失胜诉权。
二、请求权基础与诉讼时效的适用
不当得利返还请求权
若政府借支工程款后，承包方实际支出未达借支金额，超支部分构成不当得利。根据《民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还。此时，诉讼时效自政府知道或应当知道超支事实之日起计算，期限为三年。
合同纠纷请求权
若借支工程款基于双方签订的合同（如借款合同、工程垫资协议等），且合同明确约定了返还条件及期限，则诉讼时效可能从合同约定的履行期限届满之日起计算。若合同未约定或约定不明，则需结合交易习惯及实际履行情况确定。
行政协议纠纷的特殊性
若政府与承包方签订的是行政协议（如政府投资项目合同），则可能适用《行政协议司法解释》的相关规定。虽然行政协议纠纷通常不直接适用《民法典》诉讼时效制度，但若涉及民事权利义务争议（如超支返还），仍可能参照民事诉讼时效规定处理。不过，具体适用需结合案件性质及司法实践判断。
三、诉讼时效中断与延长的情形
诉讼时效中断
根据《民法典》第一百九十五条，若政府在诉讼时效期间内向承包方主张返还超支部分，或承包方同意返还，或政府提起诉讼/申请仲裁等，均可能导致诉讼时效中断，并重新计算三年期限。
诉讼时效延长
在特殊情况下（如政府因不可抗力或其他正当理由无法及时主张权利），法院可根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。但此情形需严格审查，且实践中较少适用。
四、实务建议
及时主张权利
政府应在知道或应当知道超支事实后，尽快通过书面函件、律师函等方式向承包方主张返还，并保留相关证据（如借支凭证、支出明细、沟通记录等），以避免诉讼时效经过。
明确请求权基础
在主张返还时，需明确是基于不当得利、合同纠纷还是行政协议纠纷，并选择适用的法律依据及诉讼时效起算点。
关注特殊情形
若涉及行政协议或政府特殊身份，需结合行政法律规范及司法实践综合判断诉讼时效的适用。必要时，可咨询专业律师进行个案分析。
总结：政府要求返还借支工程款中超支部分存在诉讼时效限制，但具体适用需结合请求权基础、合同约定及法律规定综合判断。建议政府及时主张权利，并明确法律依据，以维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。