结论：公司以不加班三个小时为由扣三十个小时工资的行为，很可能是违法的。具体是否违法，需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。

分析说明：

1. 从劳动合同和规章制度的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应当明确约定工资支付标准、支付时间以及加班工资的计算方式等。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班和扣薪的具体条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这些条款执行是合法的。但在此情况下，以不加班三个小时为由扣三十个小时工资，显然超出了合理范围，很可能违反了劳动合同或规章制度的初衷。

2. 从法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间，且应当按照国家有关规定支付加班费。如果劳动者拒绝加班，用人单位不得以此为由克扣劳动者工资。
   • 此外，《工资支付暂行规定》也明确规定，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法律、法规规定或者双方约定的情况。而以不加班为由扣薪，并不属于法律、法规规定的可以克扣工资的情形。

3. 从实际操作和公平性的角度：

   • 从实际操作来看，以不加班三个小时为由扣三十个小时工资，显然对劳动者不公平。劳动者有权拒绝不合理的加班要求，而公司不应以此为由对劳动者进行惩罚。
   • 如果公司确实需要劳动者加班，应当与劳动者协商，并按照国家规定支付加班费。而不是采取扣薪等不合理的手段来迫使劳动者加班。

法律建议：

• 如果您遇到了公司以不加班为由扣薪的情况，首先应当查看自己的劳动合同和公司规章制度，确认是否有相关条款规定。
• 如果劳动合同或规章制度中没有相关规定，或者规定本身违法，您可以向公司提出异议，并要求公司按照法律法规和劳动合同的约定支付工资。
• 如果公司拒绝改正，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司确实存在违法扣薪的行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
• 同时，公司也可能需要向劳动者支付被克扣的工资以及相应的经济补偿。