结论前置：在行政诉讼中，当行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响时，法院将作出确认违法判决，即认定行政行为程序上存在瑕疵，但不撤销或变更该行为，也不要求行政机关赔偿。
法律依据与详细解释
确认违法判决的法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第一款第二项的规定，行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的，人民法院应判决确认违法，但不撤销行政行为。这一规定体现了法律在维护严肃性的同时，也兼顾了行政效率与原告权益的平衡。
程序轻微违法的界定：
- 程序轻微违法指的是行政行为在程序上存在的瑕疵较为轻微，未对行政行为的实质内容和最终结果产生重大影响。例如，行政机关在送达法律文书时，虽然未严格按照法定程序进行，但并未影响当事人的实质性权利行使，如未影响当事人对法律文书内容的知晓和准备答辩等。
对原告权利不产生实际影响的判断标准：
- 这意味着尽管行政行为程序上存在违法，但从实际效果看，并未对原告的人身权、财产权等合法权益造成实质性的损害或不利影响。例如，行政处罚决定虽然超过了法定期限作出，但处罚内容合理，且原告权益未因期限问题而受损。
实践意义与后续处理
维护法律严肃性：
- 通过确认违法判决，法院明确指出了行政行为的违法性，体现了法律的监督作用，有助于促使行政机关依法行政，提高行政行为的合法性和规范性。
兼顾行政效率：
- 确认违法判决避免了因程序上的小问题而过度影响行政行为的效力和行政管理秩序的稳定。在行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响的情况下，撤销或变更行政行为可能带来不必要的行政成本和社会成本。
保护原告权益：
- 虽然不撤销或变更行政行为，但确认了其违法性，为原告提供了法律上的支持和保障。原告可以依据确认违法的判决，在后续的法律程序中主张自己的权益，如要求行政机关改正违法行为、赔偿损失等。
后续处理建议：
- 对于行政机关而言，应认真对待法院的确认违法判决，及时分析违法原因，采取措施加以改进，避免类似违法行为的再次发生。
- 对于原告而言，如果认为行政机关的违法行为给自己造成了损失，可以在行政诉讼中一并提出赔偿请求，法院在判决确认行政行为违法的同时，会根据原告所受损失情况，判决被告给予相应的赔偿。
举例说明
假设某行政机关在作出行政处罚决定时，未严格按照法定程序进行听证，但处罚决定内容合理，且未影响当事人的实质性权利行使。当事人对此提起行政诉讼，法院经审理认为，虽然行政机关的程序存在瑕疵，但属于轻微违法，且对原告权利不产生实际影响。因此，法院判决确认该行政处罚决定违法，但不撤销该决定，也不要求行政机关赔偿。
综上所述，对于行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响的情况，法院的确认违法判决是一种既体现法律原则又兼顾实际情况的明智选择。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。