结论：在工伤认定书未下达，而诊断证明书上已建议休息两个月的情况下，公司要求补请假条，从法律角度和实际操作角度出发，建议根据实际情况考虑是否补写请假条，但需确保不影响工伤认定和赔偿的权益。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
工伤认定与请假条的关系：
- 工伤认定是依据《工伤保险条例》等相关法律法规进行的，其核心在于确认员工是否因工作原因受到伤害。
- 请假条是员工因个人原因（如疾病、事假等）需要暂时离开工作岗位时，向公司提交的书面申请。它主要用于公司内部管理，记录员工的出勤情况。
- 工伤认定与请假条在法律上并无直接关联。工伤认定主要关注的是伤害的事实和原因，而请假条则更多关注的是员工的出勤状态。
诊断证明书的法律效力：
- 诊断证明书是医生根据患者的病情出具的书面证明，具有法律效力。
- 在工伤认定过程中，诊断证明书是重要的证据之一，用于证明员工受伤的事实和程度。
补写请假条的法律影响：
- 补写请假条本身并不会对工伤认定产生直接影响。但是，如果请假条上的内容与实际情况不符（如请假原因与工伤无关），可能会在一定程度上影响工伤认定的过程或结果，但这并非绝对，关键在于工伤事实本身。
- 从另一个角度看，补写请假条可以视为员工对公司管理的一种配合，有助于维护良好的劳动关系。
二、实际操作角度
公司管理需求：
- 公司要求补请假条可能是出于内部管理的需要，如记录员工的出勤情况、安排工作交接等。
- 在这种情况下，员工可以与公司进行沟通，说明工伤认定的情况和诊断证明书的建议，寻求公司的理解和支持。
员工权益保护：
- 员工在补写请假条时，应确保请假条上的内容真实、准确，避免与公司产生不必要的纠纷。
- 同时，员工应保留好诊断证明书等相关证据，以备在工伤认定和赔偿过程中使用。
建议操作：
- 如果公司坚持要求补请假条，且请假条上的内容不会与工伤事实产生冲突（如请假原因可以注明为“因工伤需要休息”），那么员工可以考虑补写。
- 如果公司要求补写的请假条内容与工伤事实不符，或者员工对公司的要求存在疑虑，那么员工可以与公司进行进一步沟通，或者咨询专业律师的意见。
三、特殊情况考虑
- 如果工伤认定书最终下达，且认定员工为工伤，那么员工在工伤期间的休息应视为工伤休假，享受相应的工伤待遇。此时，请假条的问题将变得不再重要。
- 如果工伤认定书未下达，或者认定结果对员工不利，那么员工需要保留好所有相关证据（包括诊断证明书、请假条等），以备在后续的法律程序中使用。
最后建议：在处理此类问题时，员工应保持冷静、理性，与公司进行积极沟通，同时保留好所有相关证据。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。