结论：当两份合同内容相同但约定的仲裁委员会不一样时，仲裁管辖的确定需根据具体情况分析，一般原则是看哪份合同是实际履行的合同或双方后续有无达成新的仲裁协议，若均无明确依据，则可能面临仲裁协议无效的风险，此时任何一方均可向法院起诉。
详细分析：
实际履行合同优先：
- 在商业实践中，双方可能会就同一交易签订多份合同，其中一份为正式合同，其他可能为草稿、备忘录或补充协议等。若这些合同中关于仲裁委员会的约定不一致，通常应以实际履行的合同中的仲裁条款为准。因为实际履行的合同反映了双方的真实交易意图和实际行为，是判断双方权利义务关系的主要依据。
后续仲裁协议：
- 如果双方在签订合同后，又就仲裁委员会的约定达成了新的协议，那么应以新达成的仲裁协议为准。这体现了当事人意思自治的原则，即双方有权通过协商改变原有的仲裁条款。
仲裁协议无效的情况：
- 如果无法确定哪份合同是实际履行的合同，且双方也未就仲裁委员会的约定达成新的协议，那么根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议可能因约定不明确而被认定为无效。在这种情况下，任何一方均有权向人民法院提起诉讼，由法院来管辖和解决纠纷。
法律建议：
明确仲裁条款：为了避免因仲裁条款约定不明确而引发的纠纷，建议双方在签订合同时，务必明确、具体地约定仲裁委员会的名称和地点。这样可以在发生争议时，迅速确定仲裁管辖，提高争议解决的效率。
及时沟通协商：如果双方在签订合同后发现仲裁条款存在不一致或不明确的情况，应及时进行沟通协商，通过补充协议或书面确认的方式，明确仲裁委员会的约定。
寻求法律帮助：如果双方无法就仲裁条款的约定达成一致意见，或者对仲裁协议的效力存在争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况，为双方提供法律意见和解决方案，帮助双方妥善解决纠纷。
可能后果：
- 如果仲裁协议被认定为无效，双方将需要通过诉讼方式解决纠纷，这可能会增加解决纠纷的时间和成本。
- 如果双方能够就仲裁条款的约定达成一致意见，并明确仲裁委员会的名称和地点，那么将可以更高效地解决争议，维护双方的合法权益。