上班迟到扣50块钱是否合法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法制定、扣罚金额是否合理，以及是否存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
规章制度合法且明确：
- 用人单位已依法制定规章制度，并明确规定迟到扣除工资的标准（如迟到一次扣50元）。
- 规章制度的制定经过了民主程序，如职工代表大会讨论通过，并已向全体员工公开公示。例如，通过公司公告栏张贴、内部办公系统发布或组织员工培训学习并签字确认等方式进行公示。
- 扣款行为符合规章制度的规定，且员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度。
扣款金额合理：
- 扣除的工资数额应当合理，不得过高。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但从工资中扣除的部分每月不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 对于月工资较高的员工，扣除50元作为惩戒通常被认为是合理的；但对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力。
无特殊情况：
- 员工迟到若非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，则用人单位在合理范围内扣工资是合法的。
不合法的情形
规章制度违法或未公示：
- 若用人单位未按照法定程序制定规章制度，如未经职工代表大会或者全体职工讨论，未与工会或者职工代表平等协商确定，或未将规章制度公示或告知劳动者，又或者规章制度内容本身违反法律法规的强制性规定，则依据此规章制度对迟到进行扣钱是不合法的。
扣款金额不合理：
- 如果扣除的工资数额过高，使得员工的工资低于当地最低工资标准，或扣除比例明显不合理（如超过当月工资的20%），则此扣罚行为可能违反法律规定。
存在特殊情况：
- 如果员工迟到是因不可抗力等合理原因导致的（如自然灾害、突发疾病等），用人单位仍进行扣罚则可能不合理且不合法。
劳动者权益保护
如果劳动者认为用人单位的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若该员工因迟到一次被扣除50元工资，且其当月无其他扣款项，则其剩余工资为4950元，高于最低工资标准，且扣款比例未超过当月工资的20%，因此此扣款行为合法。但若该员工月工资仅为2500元，扣除50元后剩余工资为2450元，虽仍高于最低工资标准，但若规章制度中规定迟到扣款比例过高或未经合法程序制定，则此扣款行为可能违法。
综上所述，上班迟到扣50块钱是否合法取决于多个因素的综合考量。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。