结论：公司签了赔偿协议后直接拿走盖章的行为，在法律上并不当然无效，但可能存在风险或不合理之处，具体需结合协议内容、双方协商情况及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议签订与盖章的法律效力
协议签订的基本原则：
- 赔偿协议作为双方意思表示一致的产物，其签订应遵循自愿、公平、诚实信用的原则。
- 双方应在充分理解协议内容的基础上，自愿签署，并确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
盖章的法律意义：
- 盖章是公司对协议内容确认的一种方式，具有证明协议真实性和合法性的作用。
- 在法律上，盖章通常被视为公司对协议内容的认可和承诺，是协议生效的重要条件之一。
二、公司签了赔偿协议后拿走盖章的合理性分析
双方协商一致的情况：
- 如果双方在签订协议时已经就盖章事宜达成一致，且公司拿走盖章是出于双方协商的结果（例如，公司需要盖章后留存一份作为备案），那么这种行为在法律上并无不当。
- 但在此情况下，公司应确保员工也留存有协议的副本或复印件，以便员工在需要时能够证明协议的存在和内容。
公司单方面拿走盖章的情况：
- 如果公司未经员工同意，单方面拿走盖章，且未给员工留存协议副本或复印件，那么这种行为可能构成对员工权益的侵害。
- 员工有权要求公司返还盖章的协议或提供协议的副本或复印件，以便员工能够维护自己的合法权益。
三、可能存在的法律风险及建议
法律风险：
- 如果公司拿走盖章后，未按照协议约定履行赔偿义务，员工可能因无法提供协议原件而面临举证困难的问题。
- 在极端情况下，如果公司恶意篡改协议内容或否认协议的存在，员工可能因缺乏证据而无法维护自己的权益。
建议：
- 员工角度：在签订赔偿协议时，应确保自己留存有协议的副本或复印件，并核对协议内容是否与双方协商一致。如果公司要求拿走盖章，应要求公司出具书面说明或承诺，明确盖章的用途和返还时间。
- 公司角度：在签订赔偿协议时，应尊重员工的权益，确保员工留存有协议的副本或复印件。如果需要拿走盖章，应与员工协商一致，并出具书面说明或承诺，避免引发不必要的法律纠纷。
四、特殊情况下的处理
- 如果赔偿协议涉及较大金额或复杂法律关系，建议双方在签订协议时咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
- 如果公司拿走盖章后拒绝履行协议义务或存在其他违约行为，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结：公司签了赔偿协议后直接拿走盖章的行为，在法律上并不当然无效，但可能存在风险或不合理之处。员工在签订协议时应确保自己留存有协议的副本或复印件，并核对协议内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。