在交通事故被认定为工伤的情况下，公司对于员工工资的支付需严格遵循《工伤保险条例》及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、停工留薪期内的工资支付
支付标准：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常涵盖职工工伤前正常出勤月的应发工资，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、加班加点工资等所有收入。
支付时长：
- 停工留薪期一般不超过12个月。若伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而享受伤残待遇。
二、评定伤残等级后的工资处理
停发原待遇：
- 工伤职工评定伤残等级后，将停发原工资福利待遇，并按照相关规定享受伤残待遇。例如，被鉴定为一级至四级伤残的职工，将保留劳动关系，退出工作岗位，并从工伤保险基金按月支付伤残津贴。
继续治疗期间的待遇：
- 若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗，将继续享受工伤医疗待遇。此时，工资发放将根据伤残等级和相应的伤残待遇规定进行。
三、特殊情况下的工资处理
难以安排工作的情况：
- 若工伤职工经劳动能力鉴定委员会确认难以安排工作，用人单位将按月发给伤残津贴。若伤残津贴实际金额低于当地最低工资标准，用人单位需补足差额。
未缴纳工伤保险的情况：
- 若用人单位未依法缴纳工伤保险费，则所有因工伤产生的赔偿责任均由用人单位承担，包括停工留薪期内的工资支付。
交通事故误工费与工伤停工留薪期工资的协调：
- 若职工在交通事故中获得了误工费赔偿，且该赔偿低于其停工留薪期工资标准，公司需补足差额部分。若误工费赔偿高于停工留薪期工资，公司一般无需重复支付额外工资。但具体处理方式可能因地区而异，需根据当地规定执行。
四、其他注意事项
及时申请工伤认定和劳动能力鉴定：
- 职工应及时向有关部门申请工伤认定和劳动能力鉴定，以保障自身合法权益，确保按法定程序和标准获得相应赔偿。
病假工资的处理：
- 在工伤认定结论未出来之前，单位应按照不低于当地最低工资标准80%的比例发放病假工资。一旦认定为工伤，单位需补发停工留薪期待遇与病假工资之间的差额。
结论与建议
综上所述，员工在交通事故中被认定为工伤时，公司有义务支付停工留薪期工资，并确保在评定伤残等级后按相关规定支付伤残待遇。同时，需注意交通事故责任对工伤认定的影响，以及误工费赔偿与停工留薪期工资之间的协调问题。由于各地对于交通事故工伤双重赔偿的具体规定和执行细节可能存在差异，建议您及时咨询当地劳动部门或专业律师，以维护自身合法权益。