村干部停职后政府补发工资是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若停职系合法程序且未影响工资发放条件，补发工资合法
   根据《村民委员会组织法》及地方性法规，村干部停职通常需经法定程序（如村民会议或村民代表会议决议），且停职期间若未被明确剥夺工资待遇（如未被罢免或未违反纪律处分规定），政府补发工资具有合法性。例如：停职期间村干部仍保留职务身份，仅暂停行使职权，工资属于劳动报酬范畴，补发符合“按劳分配”原则。

2. 若停职系违规操作或已丧失工资发放资格，补发工资可能违法
   若停职程序违法（如未召开村民会议、未履行书面通知义务），或村干部因严重违纪（如贪污、滥用职权）被罢免或开除，则其已丧失领取工资的资格。此时政府补发工资可能涉及违规发放公共资金，需承担行政责任，甚至可能被追责。

3. 补发工资的合法性需结合具体依据审查
   需重点审查：

   • 停职程序合法性：是否符合《村民委员会组织法》第11条（村民会议罢免程序）或地方实施细则；
     
   • 工资发放依据：是否依据地方财政规定或村集体经济组织章程，明确停职期间工资是否停发；
     
   • 补发决定主体：是否由有权机关（如乡镇政府）作出，且符合财务审批流程。
     若补发决定缺乏上述依据，可能构成程序违法或实体违法。

建议行动：
若您涉及此类纠纷，可进一步提供停职原因、程序文件、工资发放记录等材料，我将结合具体证据分析合法性，并指导您通过行政复议或诉讼维护权益。