船舶实际停止营运期间，船员工资的计算需根据停止营运的原因、劳动合同约定以及相关法律规定综合判断，具体分以下几种情况：

1. 因船舶定期检修、维护等正常停航
   若船舶停止营运属于计划内的正常维护、检修或季节性停航，且劳动合同中明确约定了此类情况下的工资支付标准（如全额支付、按比例支付或支付基本生活费），则应优先适用合同约定。

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应按劳动合同约定和国家规定向劳动者支付劳动报酬。
     
   • 例外情形：若合同未约定且双方未达成补充协议，船员有权要求用人单位按正常工作期间的工资标准支付，除非用人单位能证明停航系不可抗力或经营困难等合理原因。

2. 因不可抗力（如自然灾害、战争、政府禁令等）导致停航
   若停航系因不可抗力造成，且用人单位已及时通知船员并采取必要措施减少损失，可根据《劳动合同法》第三十二条及《民法典》第一百八十条，部分或全部免除用人单位支付工资的义务，但需满足以下条件：

   • 不可抗力事件直接导致船舶无法营运；
     
   • 用人单位已履行通知义务，并与船员协商变更劳动合同（如调整工资、安排临时工作等）；
     
   • 停航期间用人单位未要求船员提供劳动。
     
   • 实践建议：双方可协商按最低工资标准支付生活费，或通过集体合同、工会协商确定临时方案。

3. 因用人单位经营困难或破产重整导致停航
   若停航系因用人单位资金链断裂、破产重整等经营问题，需区分以下情形：

   • 短期停航（6个月内）：用人单位应按劳动合同约定支付工资，但可依据《工资支付暂行规定》第十二条，与工会或船员代表协商延期支付，延期时间不得超过30日；
     
   • 长期停航（超过6个月）：若用人单位未提供劳动条件且未解除劳动合同，船员可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 破产程序：若用人单位进入破产清算，船员工资属于优先受偿的破产债权（依据《企业破产法》第一百一十三条），但需在破产财产分配时按顺序清偿。

4. 船员主动要求停航或违反规定导致停航
   若停航系因船员个人原因（如拒绝出航、违反操作规程等），用人单位可依据劳动合同或规章制度扣减工资，但需满足：

   • 规章制度已通过民主程序制定并公示；
     
   • 扣减比例符合《工资支付暂行规定》第十六条（不超过当月工资的20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准）；
     
   • 扣减事由与船员过错直接相关。

风险提示与建议：

• 船员应保留劳动合同、工资条、停航通知等证据，以备维权；
  
• 用人单位应通过书面形式明确停航原因、工资支付方案，避免口头约定；
  
• 双方可优先通过协商、调解解决争议，若协商不成，可向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院起诉。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。