结论：由A公司招标，B公司付款这一行为是否合法，不能一概而论，需要结合具体的合同条款、交易背景以及相关法律法规来综合判断。以下从几个不同角度进行分析：

1. 合同相对性原则：

   • 在一般的合同关系中，合同具有相对性，即合同的权利和义务主要约束合同双方当事人。如果A公司是招标方，而B公司并非合同的一方，但根据合同约定或双方后续协商，B公司承担付款义务，这在法律上并非绝对禁止。关键在于合同中是否有明确约定，以及这种约定是否违反了法律法规的强制性规定。

2. 招投标法律法规：

   • 招投标活动通常受到《中华人民共和国招标投标法》等法律法规的规范。在招投标过程中，招标人（A公司）与中标人之间会签订合同，明确双方的权利和义务。如果B公司并非中标人，但根据某种安排（如三方协议、债务转移等）需要承担付款义务，这需要确保该安排不违反招投标法律法规的强制性规定，如不得规避招标、不得串通投标等。

3. 债务转移与第三方履行：

   • 如果A公司与中标人之间的合同中约定了债务可以转移给第三方（如B公司），或者中标人将合同中的付款义务转移给了B公司，并且这种转移得到了A公司的同意，那么B公司付款在法律上是可行的。此外，如果合同中约定了由第三方（B公司）履行付款义务，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，也是有效的。

4. 潜在的法律风险：

   • 尽管在某些情况下B公司付款可能是合法的，但也存在潜在的法律风险。例如，如果B公司未能按时付款，A公司可能只能依据合同向中标人追偿，而不能直接向B公司主张权利（除非合同中有特别约定或法律另有规定）。此外，如果这种安排涉嫌规避法律或损害他人利益，还可能面临法律制裁。

建议：

• 对于A公司和B公司而言，如果考虑由B公司付款，应当确保这种安排有明确的合同依据，并且不违反相关法律法规的强制性规定。
• 最好在合同中明确约定B公司的付款义务、付款时间、付款方式等关键条款，以及违约责任和争议解决方式。
• 如果涉及复杂的法律安排或存在法律风险，建议咨询专业律师进行法律审查和风险评估。

后续行动：

• 如果您有具体的合同文本或交易背景信息，可以进一步向我咨询，以便提供更具体的法律建议。
• 在处理此类问题时，务必确保所有操作都符合法律法规的要求，以避免潜在的法律纠纷和风险。