结论：跟A公司签合同，付款给了B公司，而B公司占A公司51%的股份，这一行为本身并不直接构成违法，但是否合法需根据具体情形判断，主要关注合同约定、资金用途及是否存在违法操作。

分析如下：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方。若您与A公司签订了合同，原则上付款对象应为A公司，除非合同中有特别约定允许向第三方（如B公司）付款。

2. 资金流向与股权关系：

   • B公司作为A公司的股东，持有A公司51%的股份，这仅表明B公司在A公司中有较大的决策权或控制权，但并不直接决定您与A公司合同中的付款对象。
   • 若合同中没有明确约定付款给B公司，而您却将款项支付给了B公司，这可能构成对合同约定的违反，除非事后得到了A公司的追认或同意。

3. 可能的法律风险与后果：

   • 合同违约：如果合同中明确规定了付款对象为A公司，而您却支付给了B公司，且未得到A公司的同意或追认，那么您可能构成对合同的违约，需要承担相应的违约责任。
   • 资金安全：将款项支付给非合同约定的第三方，还可能存在资金安全风险，如B公司可能不将款项转交给A公司，导致您面临重复付款或合同无法履行的风险。
   • 法律合规性：如果这种付款行为涉及逃避税收、洗钱等违法活动，那么您还可能面临法律制裁。

4. 建议措施：

   • 审查合同：首先，仔细审查您与A公司签订的合同，确认合同中是否有关于付款对象的明确约定。
   • 沟通确认：如果合同中没有明确约定或您对此有疑问，应及时与A公司沟通确认，确保付款对象的合法性。
   • 保留证据：在付款时，务必保留好相关的付款凭证和沟通记录，以备不时之需。
   • 法律咨询：如果您对合同条款或付款行为存在疑虑，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。

特殊情况说明：

• 如果合同中明确约定了可以向B公司付款，或者事后得到了A公司的书面同意或追认，那么这种付款行为就是合法的。
• 如果B公司作为A公司的控股股东，要求您将款项支付给其作为某种形式的担保或预付款，且这种要求得到了A公司的明确同意，并在合同中有所体现，那么这种付款行为也可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体分析合同条款和实际情况。

总结：跟A公司签合同付款给B公司，而B公司占A公司51%股份的行为，其合法性取决于合同的具体约定、资金用途以及是否存在违法操作。建议您在付款前仔细审查合同条款，并与A公司沟通确认付款对象的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。