结论：合同与A公司签订但付款给B公司，这一行为可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同相对性原则以及可能涉及到的税务、财务规定，具体是否违法需根据实际情况判断。

分析：

1. 合同相对性原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务原则上仅约束合同双方当事人。若合同明确约定付款方为A公司，而实际付款却给了B公司，这可能构成对合同相对性原则的违反，除非合同中有特别约定或事后得到了A公司的同意。
   • 法律后果：如果这一行为未经A公司同意，A公司有权要求按照合同约定履行付款义务，即要求付款给A公司或由A公司指定的接收方。若因此给A公司造成损失，A公司还有权要求赔偿。

2. 税务与财务规定：

   • 从税务和财务的角度来看，如果付款给B公司没有合理的商业理由或未经适当披露，可能被视为逃避税务监管或进行财务造假的行为。
   • 法律后果：这种行为可能面临税务机关的调查和处罚，包括但不限于补缴税款、滞纳金、罚款等。同时，如果涉及财务造假，还可能触犯刑法中的相关条款，面临刑事责任。

3. 特殊情况：

   • 如果合同中有明确约定或事后得到了A公司的书面同意，允许将款项支付给B公司，那么这一行为就不构成违法。
   • 另外，如果B公司是A公司的关联方或指定接收方，且这一安排在合同中有明确体现或事后得到了A公司的确认，那么也不构成违法。

建议：

• 审查合同：首先，应仔细审查合同条款，确认是否有关于付款对象的特别约定。
• 沟通确认：如果合同中没有明确约定或存在疑问，应及时与A公司沟通确认，确保付款行为符合合同约定和法律规定。
• 合规操作：在付款时，应确保操作合规，保留好相关凭证和记录，以备税务和财务审计。
• 咨询专业：如果对此行为是否违法存在疑虑，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。

总结：合同与A公司签订但付款给B公司，这一行为是否违法需根据合同条款、双方约定以及实际操作情况来判断。为了避免潜在的法律风险，建议在进行此类操作时务必谨慎，并咨询专业律师的意见。