结论：超过诉讼时效以后，双方协商金额的，在一定条件下可以引起诉讼时效的重新起算。

详细分析：

1. 诉讼时效的基本概念： 诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。

2. 诉讼时效重新起算的条件：

   • 双方达成新的协议：当超过诉讼时效后，如果双方就原债务的金额、履行方式等重新达成协议，这通常被视为一个新的法律关系的产生。这个新的协议，如果符合法律规定的合同成立要件，那么它就可以作为一个新的事实，引起诉讼时效的重新起算。
   • 债务人同意履行：即使双方没有就原债务的全部内容达成新的协议，但如果债务人明确表示同意履行原债务，或者部分履行了原债务，这也可能被视为债务人放弃了诉讼时效的抗辩权，从而引起诉讼时效的重新起算。不过，这种情况下，诉讼时效的重新起算可能仅针对债务人同意履行或部分履行的部分。

3. 实际应用中的注意事项：

   • 证据保留：在双方协商金额或达成新协议时，务必保留好相关的书面证据，如协议书、聊天记录、邮件等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中，将起到至关重要的作用。
   • 明确协议内容：在达成新协议时，应尽可能明确协议的内容，包括债务的金额、履行方式、履行期限等。避免因为协议内容模糊不清，而导致后续的法律纠纷。
   • 及时行使权利：即使诉讼时效重新起算，权利人也应及时行使自己的权利，避免因为再次超过诉讼时效而丧失法律保护。

4. 法律后果：

   • 如果满足重新起算条件：那么从新协议达成之日或债务人同意履行之日起，诉讼时效将重新开始计算。这意味着，权利人将再次获得法律的保护，可以在新的诉讼时效期间内行使自己的权利。
   • 如果不满足重新起算条件：那么原债务的诉讼时效将继续计算，直至届满。届满后，债务人将获得诉讼时效抗辩权，权利人将无法再通过法律途径追讨债务。

建议：在处理超过诉讼时效的债务问题时，建议权利人及时与债务人进行协商，并尽可能达成新的协议或取得债务人同意履行的明确表示。同时，务必保留好相关的书面证据，以便在后续可能发生的法律纠纷中维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。