即使案件超过了诉讼时效，双方依然可以协商，也就是调解解决纠纷。下面我为您详细解释：
超过诉讼时效的实体权利：当诉讼时效届满，义务人虽然会获得时效抗辩权，但这并不意味着其实体权利就消失了。换句话说，即使超过了诉讼时效，权利人依然有权与义务人进行协商，寻求解决方案。
调解的特点与优势：调解是一种灵活、便捷且平和的纠纷解决方式。在调解过程中，双方能够针对有争议的事项自由地协商解决方案，不受诉讼时效的限制。这是因为调解是基于双方自愿的基础上，是当事人对自身权益进行的处分。通过调解，双方可以避免因诉讼对抗带来的各种不便和成本支出，实现双赢。
法院在调解中的作用：如果双方愿意通过调解来解决问题，法院会秉持公正原则，在中间进行调解。法院主持调解的目的是推动双方达成一致，从而解决纠纷。而且，双方达成的调解协议一般是具有法律效力的，这意味着一旦协议达成，双方都需要遵守。
综上所述，即使案件超过了诉讼时效，双方依然可以通过协商（调解）的方式来解决纠纷。这种方式不仅灵活便捷，而且能够平和地解决双方之间的矛盾，避免不必要的诉讼成本。如果您有任何关于合同纠纷或建设工程领域的问题，都可以直接向我咨询。