纠纷协商了二年并不直接等同于超过诉讼时效，是否超过诉讼时效需根据具体的法律规定和案件情况来判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这是诉讼时效的一般原则，适用于大多数民事纠纷。
二、协商对诉讼时效的影响
诉讼时效的中断：
- 在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出履行请求，或者义务人同意履行义务，或者权利人提起诉讼或申请仲裁等，都会导致诉讼时效的中断。
- 中断后，诉讼时效期间重新计算。因此，如果纠纷协商的二年期间内，双方有明确的履行请求或同意履行的表示，或者权利人采取了其他导致诉讼时效中断的措施，那么诉讼时效可能并未超过。
协商本身不直接导致诉讼时效超过：
- 单纯的协商行为，并不直接导致诉讼时效的超过。诉讼时效的超过取决于权利人是否在法定期间内行使权利，以及是否存在导致诉讼时效中断或中止的情形。
三、判断是否超过诉讼时效的关键因素
权利人知道或应当知道权利受损的时间：
- 这是计算诉讼时效的起点。如果权利人在此时间后三年内未行使权利，且不存在诉讼时效中断或中止的情形，则可能超过诉讼时效。
是否存在诉讼时效中断或中止的情形：
- 如前所述，如果存在导致诉讼时效中断或中止的情形，如权利人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，则诉讼时效期间会重新计算或暂停计算。
四、实际操作建议
收集证据：
- 权利人应收集与纠纷相关的所有证据，包括协商记录、履行请求、同意履行的表示等，以证明自己在诉讼时效期间内行使了权利或存在导致诉讼时效中断或中止的情形。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效的计算和判断涉及复杂的法律问题，建议权利人在面临此类纠纷时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导。不过，在此你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律分析。
及时行使权利：
- 为避免诉讼时效超过的风险，权利人应在知道或应当知道权利受损后尽快行使权利，如提起诉讼、申请仲裁或向义务人提出履行请求等。
举例说明：假设甲与乙之间存在合同纠纷，甲在知道乙违约后开始与乙协商解决方案。在协商的二年期间内，甲多次向乙提出履行请求，但乙一直未履行。在此情况下，由于甲在诉讼时效期间内行使了权利（提出履行请求），导致诉讼时效中断并重新计算。因此，即使协商了二年，甲仍然有权在重新计算的诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律措施。