结论：公司未与您签订协商协议却擅自缴纳赔偿金税款的行为，可能涉及程序违法及权益侵害，您有权要求公司补签协议、明确赔偿金额并依法维权。以下从法律角度分情况详细说明：
一、公司行为可能涉及的法律问题
程序违法性
根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位与劳动者解除或终止劳动合同时，若涉及经济补偿或赔偿金，双方应通过协商一致确定具体金额及支付方式，并签订书面协议。公司未与您签订协商协议即擅自缴纳税款，可能违反以下程序要求：
- 未达成书面合意：口头协商无法作为赔偿金支付的合法依据，若后续发生纠纷，公司可能以“已履行义务”为由抗辩，但您可主张程序违法导致协议无效。
- 税款缴纳主体争议：根据《个人所得税法》，赔偿金属于“偶然所得”或“工资薪金所得”（视具体性质），应由支付方（公司）代扣代缴。但若双方未就赔偿金额达成一致，公司单方面计算税款可能侵害您的知情权。
实体权益侵害
- 赔偿金额不明确：未签订协议可能导致您无法确认公司计算的赔偿金是否包含税款、税款计算是否准确（如适用税率、扣除项目等）。
- 潜在税务风险：若公司未如实申报或错误缴纳税款，您作为纳税人可能面临税务机关追缴税款、滞纳金甚至罚款的风险（根据《税收征收管理法》第63条）。
二、您的权利与应对措施
要求补签协议
- 法律依据：根据《民法典》第469条，书面形式是合同成立的有效要件之一。您可要求公司补签书面协议，明确赔偿金金额、税款承担方式（如“含税”或“不含税”）及支付时间。
- 操作建议：若公司拒绝补签，您可保留沟通记录（如邮件、微信），作为后续维权的证据。
核实税款计算合法性
- 计算方式：赔偿金若属于“偶然所得”，适用20%比例税率；若属于“工资薪金所得”，则按累计预扣法计算（具体公式为：应纳税额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除）×适用税率-速算扣除数）。
- 核查要点：要求公司提供税款计算明细，确认是否扣除社保、公积金等法定项目，以及是否适用正确税率。
维权途径
- 劳动仲裁：若公司拒绝补签协议或拒绝调整税款计算，您可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司程序违法并要求重新协商赔偿金额。
- 税务投诉：若发现公司未如实申报税款，您可向当地税务机关举报（根据《税收征收管理法》第13条），要求税务机关核查并责令公司补缴税款。
三、特殊情形提示
- 若公司已实际支付赔偿金：即使未签协议，您仍需确认公司是否从赔偿金中扣除税款。若已扣除，您可要求公司出具完税证明；若未扣除，您需自行申报缴纳（否则可能面临税务风险）。
- 若赔偿金涉及违法解除：若公司属于违法解除劳动合同，您有权主张2N倍经济补偿（N为工作年限），此时公司缴纳的税款可能因赔偿金性质变化而需重新计算。
建议：您可先与公司沟通补签协议并明确税款细节；若协商无果，及时收集证据（如工资条、解除通知、沟通记录）并启动法律程序。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。