未签劳动合同和公司协商赔偿是否需要纳税，主要取决于赔偿金的性质及金额。以下是对此问题的详细分析：
- 若赔偿金被视为因解除劳动关系而取得的一次性补偿收入：
- 根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》的相关规定，个人因与用人单位解除劳动关系（包括未签订劳动合同导致的解除）而取得的一次性补偿收入，如经济补偿金、生活补助费和其他补助费用，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。
- 超过的部分，则需按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》计算征收个人所得税。具体计算方法为：将超过部分的经济补偿收入除以个人在本企业的工作年限数（超过12年的按12计算），以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。
举例说明：
- 假设某地上年职工平均工资为5万元，张三因公司未签劳动合同获得了12万元的赔偿金，且在该企业工作了5年。由于12万元小于当地上年职工平均工资的3倍（15万元），因此张三获得的这笔赔偿金免征个人所得税。
- 若张三获得的赔偿金为20万元，则超出部分（5万元）需按税法规定缴税。具体计算方式为：将5万元除以工作年限5年，得到每月1万元作为月工资、薪金收入基数，然后按照税法规定计算缴纳个人所得税。
若赔偿金与劳动关系不直接相关，而是由于公司违法或其他原因支付：
- 在这种情况下，赔偿金的税务处理可能不同于一次性补偿收入。例如，如果赔偿金是因为公司违反劳动法规定未签订劳动合同而支付的罚款或违约金，其税务处理可能需要根据具体法律法规和当地税务政策来确定。
- 一般来说，如果赔偿金并非直接因解除劳动关系而产生，而是由于公司的违法行为或其他原因支付，那么其税务处理可能更加复杂，且可能不享受一次性补偿收入的税收优惠政策。因此，在这种情况下，建议具体咨询当地税务部门以确定是否需要缴税及如何缴税。
地方税务政策差异：
- 需要注意的是，不同地区的税务政策可能存在差异。因此，在处理未签劳动合同赔偿金的税务问题时，除了参考上述一般规定外，还需要了解并遵守当地的具体税务政策。
总结与建议：
- 在处理未签劳动合同和公司协商赔偿的税务问题时，首先需要确定赔偿金的性质及金额。
- 如果赔偿金被视为因解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，且金额在当地上年职工平均工资3倍以内，则免征个人所得税；超出部分则需依法纳税。
- 如果赔偿金与劳动关系不直接相关，而是由于公司违法或其他原因支付，则其税务处理可能有所不同，需具体咨询当地税务部门。
- 由于税务政策可能因地区而异，建议在处理此类问题时咨询当地税务部门或专业税务律师以获取最准确的信息和指导。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。