公司不续签劳动合同支付的赔偿金是否需要扣税，关键在于赔偿金的数额是否超过当地上年职工平均工资的三倍。以下是对此问题的详细分析：

一、免征个人所得税的情况

1. 政策依据：

   • 根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）的相关规定，个人与用人单位解除劳动关系（包括不续签合同）取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资三倍数额以内的部分，免征个人所得税。

2. 具体实例：

   • 假设某地区上年职工平均工资为50,000元，那么三倍数额即为150,000元。若公司支付给员工的经济补偿金不超过这个数额，如120,000元，则该员工无需就这笔补偿金缴纳个人所得税。

3. 特殊情况：

   • 如果赔偿金是因工伤或患职业病而获得的，根据相关规定，这部分赔偿金将全部免征个人所得税，不受上述三倍数额的限制。

二、需要缴纳个人所得税的情况

1. 超过规定数额部分需缴税：

   • 当赔偿金超过当地上年职工平均工资三倍数额时，超出部分将需要按照综合所得税率表单独计算并缴纳个人所得税。

2. 计算方法：

   • 一般经济补偿金：超出部分不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表计算纳税。计算公式为：应纳税额 = 超过三倍数额部分的一次性补偿收入 × 适用税率 - 速算扣除数。
   • 违法解除劳动合同赔偿金：若赔偿金为经济补偿金标准的二倍，应先将赔偿金折算为经济补偿金（即除以2），然后再根据是否超过三倍数额进行判断和处理。超出部分同样按照上述公式计算纳税。

3. 具体实例：

   • 继续以上述地区为例，若公司支付给员工的经济补偿金为200,000元，则超出三倍数额的部分为50,000元（200,000 - 150,000）。这50,000元需按照综合所得税率表计算应纳税额。假设对应的适用税率为10%，速算扣除数为2520元，则应纳税额为：50,000 × 10% - 2520 = 2480元。
   • 若员工获得的违法解除劳动合同赔偿金为400,000元，先折算为经济补偿金为200,000元（400,000 ÷ 2），超出免税额度的50,000元（200,000 - 150,000）则需要按照综合所得税率表计算缴纳个人所得税，计算方式同上。

三、建议与总结

1. 了解当地政策：

   • 在处理此类问题时，建议首先了解当地的平均工资水平及相关的税收政策，以便准确判断赔偿金是否需要纳税。

2. 咨询专业人士：

   • 由于税务处理可能涉及复杂的计算和法规应用，建议咨询专业的税务机构或我这样的专业律师，以获取更具体的法律意见和税务筹划建议。

3. 合法合规处理：

   • 无论是公司还是员工，都应确保税务处理的合法合规性，避免不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，公司不续签劳动合同支付的赔偿金是否需要扣税，取决于赔偿金的数额以及当地上年职工平均工资的水平。如果赔偿金在规定的免税额度以内，或者是因工伤、职业病等特殊原因获得的，则无需缴纳个人所得税；否则，超出部分将需要依法纳税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。