在非法经营案件中，如果员工确实不知情，通常不会被追究刑事责任，但具体还需根据员工的行为和角色来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、员工通常无需担责的情形
主观不知情且未参与：
- 非法经营类犯罪属于故意犯罪，要求行为人主观上具有明知故犯的心态。如果员工对公司的非法经营活动确实毫不知情，且未参与相关活动的策划、实施等关键环节，只是按照公司的正常工作安排和指示进行业务操作，那么员工通常不会被追究刑事责任。例如，公司非法销售未经批准的药品，但普通销售人员并不知晓药品的非法性，只是按照常规流程进行销售，那么这些销售人员通常是无责任的。
“不知情”的认定：
- 司法实践中对“不知情”的认定较为严格，会综合考量员工的工作内容、岗位层级、在公司中的角色以及对业务不合理之处是否应当察觉等因素。若员工能够证明自己对非法经营活动确实不知情，且已尽到合理的注意义务，则通常可免除刑事责任。
二、员工可能被处罚的情形
知晓并默许：
- 即便员工未直接参与非法经营活动，但如果他们知晓并默许了这种行为，也可能被视为共犯或协助者，并承担相应的法律责任。这取决于他们在非法活动中的具体角色和行为性质。例如，员工明知公司非法经营，但仍为其提供资金、场地等支持，可能构成共同犯罪。
从非法活动中获利：
- 如果员工从非法经营活动中获得了利益，如高额提成、奖金等，这将被视为其参与了非法活动的一个明显标志，从而可能承担相应的法律责任。因为获利行为往往与参与行为紧密相连，难以割裂。
违反特定法律规定：
- 在一些特殊行业和领域，法律对员工个人设定了特定的义务和责任。即使公司整体存在非法经营行为，员工如果违反了这些专门针对其个人的法律规定，也可能面临处罚。例如，在金融行业中，如果员工违反金融监管规定进行违规操作，即使公司整体经营存在违法性，该员工个人也将受到相应的行政处罚甚至刑事制裁。
三、实际操作建议
保留证据：
- 如果员工确实对公司的非法经营活动不知情，应尽可能保留相关证据，如工作记录、邮件往来、聊天记录等，以证明自己的清白。这些证据在司法实践中可能起到关键作用。
积极配合调查：
- 如果员工被卷入非法经营案件中，应积极配合相关部门的调查处理，如实陈述事实，提供线索和证据。这有助于查明真相，保护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果员工对法律问题存在疑问或担忧，应及时向我咨询，我会根据具体情况为员工提供有针对性的法律分析和建议，帮助他们更好地应对可能的法律风险。
综上所述，非法经营案件中的员工是否会被追究刑事责任，主要取决于他们的知情程度和具体行为。对于确实不知情的员工，通常不会受到刑事处罚；而对于知晓并参与或默许非法活动的员工，则可能面临相应的法律责任。因此，员工应时刻保持警惕，关注公司的经营活动是否合法合规，以确保自身的权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。