在劳动争议案件中，一般不能直接申请追加实际控制人自然人承担责任，但在特定情形下，可以通过法律途径追究实际控制人的责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则：劳动争议案件的当事人范围
在劳动争议案件中，通常的当事人是劳动者和用人单位。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关法律法规，劳动争议仲裁或诉讼的当事人应当是与争议有直接利害关系的劳动者和用人单位。因此，在一般情况下，实际控制人自然人并不直接成为劳动争议案件的当事人。
二、特定情形：追究实际控制人责任的可能性
尽管一般原则如此，但在某些特定情形下，劳动者可能有机会追究实际控制人的责任。这些情形主要包括：
实际控制人滥用权利损害劳动者权益：
- 如果实际控制人滥用其控制地位，通过不正当手段损害劳动者的合法权益，如拖欠工资、未缴纳社会保险等，劳动者在提起劳动争议仲裁或诉讼时，虽然不能直接追加实际控制人为当事人，但可以在仲裁或诉讼过程中，通过收集证据证明实际控制人的行为与用人单位的违法行为存在关联，从而要求用人单位承担责任，并在必要时通过其他法律途径（如民事诉讼）追究实际控制人的个人责任。
实际控制人与用人单位人格混同：
- 在某些情况下，实际控制人可能与用人单位存在人格混同，即实际控制人将用人单位的财产、业务等与其个人财产、业务混同，导致用人单位失去独立法人地位。在这种情况下，劳动者可以依据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，通过“刺破公司面纱”原则，追究实际控制人的连带责任。但这通常需要通过民事诉讼程序进行，而非直接在劳动争议仲裁或诉讼中追加实际控制人为当事人。
实际控制人作为共同侵权人：
- 如果实际控制人与用人单位共同实施了侵害劳动者权益的行为，如共同拖欠工资、共同实施歧视性待遇等，劳动者可以在提起劳动争议仲裁或诉讼时，将实际控制人作为共同侵权人一并起诉。但这种情况较为特殊，需要劳动者有充分的证据证明实际控制人与用人单位存在共同侵权行为。
三、法律建议
收集证据：
- 劳动者在面临劳动争议时，应尽可能收集与争议相关的证据，包括劳动合同、工资单、工作记录、通信记录等，以证明用人单位的违法行为以及实际控制人与该违法行为的关联。
咨询专业律师：
- 鉴于劳动争议案件的复杂性和专业性，劳动者在面临争议时应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律途径和救济措施。虽然我不能直接给出联系方式，但你可以直接向我咨询相关法律问题。
选择合适的法律途径：
- 根据具体情况，劳动者可以选择劳动争议仲裁、民事诉讼等法律途径来维护自己的权益。在选择法律途径时，应充分考虑案件的性质、证据的充分性、诉讼成本等因素。
综上所述，虽然劳动争议案件中一般不能直接申请追加实际控制人自然人承担责任，但在特定情形下，劳动者仍有机会通过法律途径追究实际控制人的责任。如果你面临类似问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。