针对员工不配合做公司入职体检的问题，这确实是一个需要细致处理的情况，因为入职体检对于确保员工健康、预防职业病以及维护公司整体工作环境的安全都至关重要。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，对于从事接触职业病危害作业的岗位，法律对劳动者有特殊的保护规定。根据《中华人民共和国职业病防治法》第三十五条第二款，以及《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的相关规定，如果劳动者未进行离岗前（或入职前，视具体情况而定，此处原理相通）的职业健康检查，用人单位在特定情况下（如未协商一致）是不得解除或终止与其的劳动合同的。但这主要针对的是用人单位单方面解除劳动合同的情形，并不直接禁止双方协商一致解除劳动合同。

现在，针对您提出的问题，即员工不配合做入职体检，我们可以从以下几个方面来处理：

1. 沟通解释：

   • 与员工进行坦诚的沟通，解释入职体检的重要性，包括它对于员工个人健康、公司工作环境安全以及未来职业发展的意义。
   • 强调体检是公司的一项基本要求，也是对员工负责、对公司负责的表现。

2. 提供便利：

   • 如果可能，为员工提供体检的便利，如安排体检时间、地点，甚至提供体检费用的支持。
   • 确保体检过程简单、快捷，减少员工的顾虑和不便。

3. 明确后果：

   • 在员工入职前，明确告知如果拒绝或未按时完成体检，可能会影响其入职手续的办理或职位的保留。
   • 强调这是公司的一项规章制度，所有员工都需要遵守。

4. 协商处理：

   • 如果员工仍然拒绝体检，可以尝试与员工进行协商，了解其拒绝的具体原因，并寻求解决方案。
   • 如果员工有合理的顾虑或担忧，可以针对这些顾虑进行解释和安抚，或者提供替代方案。

5. 法律途径：

   • 如果员工坚持拒绝体检，且其岗位确实涉及职业病危害，公司可以考虑根据相关法律法规和公司规章制度，采取相应的法律措施。
   • 但在此之前，务必确保已经充分沟通、解释，并尝试了所有可能的协商解决方案。

6. 特殊情况处理：

   • 如果员工因特殊原因（如健康原因、宗教信仰等）确实无法进行体检，公司应考虑其特殊情况，并寻求合理的解决方案，如调整岗位、提供其他形式的健康证明等。

重要提示：在处理此类问题时，公司应始终遵循法律法规，尊重员工的权益和尊严。同时，保持与员工的良好沟通，寻求双方都能接受的解决方案，是维护公司和谐劳动关系的关键。

最后，如果员工仍然不配合做入职体检，且其岗位涉及职业病危害，公司可能需要重新评估该员工的入职资格或考虑其他合适的候选人。因为，确保员工的健康和安全，以及维护一个健康、安全的工作环境，是公司的重要责任。