结论：在款项未付但工程已动工的情况下，纳税义务是否发生需根据具体税种和合同条款来判断，增值税和企业所得税的纳税义务发生时间可能有所不同。

分析：

1. 增值税方面：

   • 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，增值税的纳税义务发生时间通常与销售货物或提供应税劳务的收款时间或合同约定的收款时间相关联。若合同中明确约定了付款时间，且该时间在工程动工之后，但工程动工本身可能被视为提供了应税劳务的开始，此时需结合合同具体条款和交易实质来判断。
   • 如果合同未明确约定付款时间，或者约定在工程动工前付款但实际未付，而工程已动工，那么增值税的纳税义务可能因应税劳务的提供而触发，具体还需看税务机关对交易实质的认定。
   • 特殊情况：若工程动工属于预收款方式销售货物或提供应税劳务，且合同中明确约定了预收款的时间和金额，那么增值税的纳税义务可能在收到预收款时即发生。

2. 企业所得税方面：

   • 企业所得税的纳税义务发生时间通常与收入的实现时间相关。根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，收入的实现时间一般按照权责发生制原则确定，即收入在相关经济利益很可能流入企业且金额能够可靠计量时确认。
   • 在工程动工但款项未付的情况下，如果企业能够合理预计未来能够收到款项，且该款项与已动工的工程直接相关，那么企业所得税的纳税义务可能因收入的实现而触发。然而，这通常还需要考虑合同的具体条款、工程的进度以及企业的会计政策等因素。

建议：

• 审查合同条款：首先，应仔细审查与工程相关的合同条款，特别是关于付款时间、付款方式以及纳税义务的约定。
• 咨询税务机关：由于纳税义务的发生时间可能因具体情况而异，且涉及复杂的税法规定，因此建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确指导。
• 保留相关证据：在工程动工和款项支付过程中，应妥善保留所有相关证据，如合同、发票、付款记录等，以备税务机关查询或审计时使用。

后续行动：

• 如果您对具体的纳税义务发生时间仍有疑问，或者需要进一步的税务筹划建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和税法规定，为您提供专业的法律意见。