结论：员工在不知情的情况下，不认罪认罚是否会被起诉，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑多种因素，包括员工是否确实不知情、案件的具体性质、证据的充分性以及司法机关的判断等。以下我会从多个角度进行详细分析。

1. 员工是否确实不知情：

   • 在刑事案件中，员工是否知情是判断其是否构成犯罪的重要要素。如果员工确实对公司所涉的犯罪行为不知情，且没有参与或协助犯罪，那么根据刑法的原则，员工不应被追究刑事责任。
   • 然而，要证明员工不知情并非易事。这通常需要员工提供充分的证据来支持其主张，如工作记录、通讯记录、证人证言等。如果员工无法提供这些证据，或者证据不足以证明其不知情，那么司法机关可能会根据现有证据对员工进行起诉。

2. 案件的具体性质：

   • 职务犯罪案件的性质各不相同，有的可能涉及高层管理人员的决策，有的则可能只是基层员工的执行行为。如果案件主要涉及高层管理人员的决策，而基层员工只是按照指令执行，且对决策内容不知情，那么基层员工被起诉的可能性相对较小。
   • 反之，如果案件涉及基层员工的直接行为，且这些行为与犯罪有直接关联，即使员工声称不知情，也可能面临被起诉的风险。

3. 证据的充分性：

   • 在刑事案件中，证据是判断被告人是否有罪的关键。如果司法机关能够收集到充分的证据证明员工参与了犯罪行为，即使员工声称不知情，也可能被起诉。
   • 反之，如果证据不足或存在矛盾，司法机关可能会谨慎考虑是否对员工进行起诉。

4. 司法机关的判断：

   • 最终是否对员工进行起诉，还取决于司法机关的判断。司法机关会根据案件的具体情况、证据的充分性以及相关法律法规的规定，综合判断员工是否构成犯罪，并决定是否提起公诉。

法律建议：

• 如果员工确实对公司所涉的犯罪行为不知情，且没有参与或协助犯罪，建议员工积极收集证据，证明自己的清白。
• 如果员工面临被起诉的风险，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以根据案件的具体情况，为员工提供专业的法律意见和辩护策略。

可能后果：

• 如果员工被起诉并最终被判定有罪，将可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
• 如果员工被证明无罪或案件被撤销，员工将恢复自由，且不会留下犯罪记录。

总之，员工在不知情的情况下不认罪认罚是否会被起诉，取决于多种因素的综合考量。如果你或你身边的人面临类似情况，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。