在解答您关于签证单施工单位应盖项目章还是公章的问题时，我们首先要明确的是，这通常取决于具体的合同约定、行业惯例以及相关法律法规的要求。不过，基于一般的工程实践和法律原则，我可以为您提供一个较为通用的解答。
一、公章与项目章的区别
公章：是公司法律效力的象征，代表公司的正式意志和决策。在涉及公司重大利益、合同签订、法律文件等场合，通常需要加盖公章。
项目章：是项目部为了项目管理和施工便利而刻制的印章，其使用范围通常限于项目内部事务，如项目文件、通知、报告等。项目章一般不具备对外签订合同的法律效力。
二、签证单盖章的通常做法
在工程签证的场合，由于签证单往往涉及工程量的确认、工程款的结算等重要事项，这些事项直接关系到公司的经济利益和法律责任。因此，从严谨性和法律效力的角度出发，施工单位在提交签证单时，通常应当加盖公司公章，以表明公司对该签证内容的正式认可和承担相应责任。
三、特殊情况下的处理
当然，也存在一些特殊情况。例如，如果合同中明确约定了签证单可以加盖项目章，或者项目章在公司内部被明确授权可以用于签证等特定场合，那么在这种情况下，加盖项目章也是可以的。但这种情况需要事先有明确的约定或授权，并且应当确保项目章的使用不会引发法律纠纷或误解。
四、结合具体案例和规定
以您提供的《德化县城市管理局关于对本系统工程签证加强管理的规定》为例，该规定中明确要求“有效签字人必须在有效期内共同签字，并加盖建设单位公章，否则工程签证无效”。虽然这是针对建设单位的规定，但同样可以反映出在工程签证领域，公章的重要性和必要性。对于施工单位而言，遵循类似的原则和要求，加盖公司公章，是确保签证单有效性和法律效力的关键。
五、建议
查阅合同：首先查阅施工合同中关于签证单盖章的具体约定，按照合同要求执行。
咨询法律意见：如果合同中没有明确约定或存在疑问，建议咨询专业法律人士的意见，以确保签证单的盖章符合法律要求。
内部规范：施工单位内部也应建立规范的签证单管理制度，明确盖章流程和责任人，避免出现盖章不当或遗漏的情况。
综上所述，在大多数情况下，施工单位在提交签证单时应当加盖公司公章，以确保签证单的有效性和法律效力。如果存在特殊情况或合同中有明确约定，可以按照约定执行。