工程签证单需要由项目经理签字，而非施工员。具体分析如下：
一. 签字主体的职责分析
施工员：施工员主要负责施工现场的具体施工工作，他们的工作重点是按照施工图纸和施工方案进行施工，确保施工质量和进度。然而，他们并不具备对工程签证单进行签字确认的权限，因为这涉及到工程量的确认、费用的影响以及合同的变更等更高层次的管理决策。
项目经理：项目经理是施工单位的现场负责人，他们负责整个项目的组织、协调和管理。在工程签证单的签字确认流程中，项目经理负责确认实际完成的工程量、工作内容及初步的费用影响，并代表施工单位认可签证内容及相关工作已执行或需执行。因此，项目经理是工程签证单上合适的签字主体。
二. 签字流程的重要性
工程签证单的签字确认流程是工程项目管理中的重要环节，它直接关系到项目的顺利进行和最终结算。通过明确各方的角色和责任，以及加强沟通与协商，可以确保签证内容的真实、合理和合规。因此，遵循正确的签字流程，由具备相应权限和职责的项目经理进行签字确认，是确保工程项目顺利进行和费用合理控制的关键。
综上所述，工程签证单应由项目经理签字确认，而非施工员。这一结论基于签字主体的职责分析和签字流程的重要性考虑，旨在确保工程项目的顺利进行和最终结算的合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。