工程签证单加盖的项目章不是公章，其有效性需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 项目章的法律效力基础：

   • 项目章通常用于特定工程项目内部管理，其法律效力取决于公司对项目章的授权范围及使用规定。若公司明确授权项目章可用于工程签证等事务，则项目章在授权范围内具有法律效力。
   • 若公司未明确授权或限制项目章的使用范围，则项目章在工程签证单上的使用可能因缺乏明确法律依据而面临效力争议。

2. 合同约定与实际履行：

   • 若建设工程施工合同中明确约定了工程签证单需加盖公章方为有效，则加盖项目章的签证单可能因不符合合同约定而被视为无效。
   • 若合同未明确约定签证单需加盖公章，而是允许使用项目章或其他有效印章，则加盖项目章的签证单在符合其他有效要件的情况下，应被视为有效。
   • 此外，还需考虑实际履行情况。若双方在实际履行过程中均认可项目章在工程签证单上的效力，且未因此产生争议，则项目章的有效性可能得到实际确认。

3. 表见代理与善意相对人：

   • 在某些情况下，即使项目章未经公司明确授权，但若持章人（如项目经理）的行为构成表见代理，即相对人（如施工方）有理由相信持章人有权代表公司签署签证单，且相对人善意无过失，则签证单可能因表见代理而对公司产生法律效力。

4. 法律后果与风险防范：

   • 若加盖项目章的签证单被认定为无效，可能导致签证内容不被认可，进而影响工程结算、工期索赔等权益。
   • 为防范风险，建议公司在项目章的使用上明确授权范围，并在合同中约定签证单的有效印章类型。同时，施工方在签署签证单时，应要求对方出示有效的授权文件，并核实印章的真实性与合法性。

建议：

• 对于公司而言，应完善项目章管理制度，明确项目章的使用范围与权限，避免滥用导致法律风险。
• 对于施工方而言，在签署工程签证单时，应仔细审查对方使用的印章类型，并要求对方提供有效的授权文件。如有疑问，可及时咨询专业律师以确认签证单的法律效力。

如有具体工程签证单效力争议或相关法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业法律意见。