工程签证单只有签字没有盖章，其有效性需分情况讨论，具体如下：
从合同约定角度分析：
- 如果双方在施工合同中明确约定了工程签证单必须同时具备签字和盖章才生效，那么仅签字未盖章的签证单将不符合合同约定，可能被视为无效。这种情况下，合同条款是双方意思自治的体现，应当得到尊重和执行。
- 若合同中并未明确规定签证单必须盖章，或者仅规定了签字作为生效条件，那么仅签字未盖章的签证单在形式上可能仍然有效。但此时，还需结合其他证据和实际情况来判断签证单的真实性和合法性。
从行业惯例和交易习惯角度分析：
- 在建设工程领域，工程签证单是确认工程量、变更设计、调整工期等事项的重要依据。虽然盖章可以增加签证单的正式性和权威性，但并非所有情况下都必须盖章。如果行业惯例或交易习惯中并未强制要求签证单必须盖章，且双方在实际操作中也未对此提出异议，那么仅签字未盖章的签证单在行业内可能被视为有效。
从法律证据效力角度分析：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，证据应当具有真实性、合法性和关联性。仅签字未盖章的签证单，如果其内容真实、合法，且与案件事实具有关联性，那么它仍然可以作为证据使用。但需要注意的是，在诉讼或仲裁过程中，对方可能会对其真实性提出质疑，此时需要提供其他证据来佐证签证单的真实性。
实际操作建议：
- 为了避免因签证单形式问题而引发的纠纷，建议在签订施工合同时就明确约定签证单的生效条件，包括是否需要盖章、签字人的权限等。
- 在实际施工过程中，双方应严格按照合同约定执行签证单的签署流程，确保签证单的真实性和合法性。
- 如果遇到仅签字未盖章的签证单，建议及时与对方沟通确认其效力，并保留好相关证据以备不时之需。
总结来说，工程签证单只有签字没有盖章是否有效，取决于合同约定、行业惯例、交易习惯以及法律证据效力的综合判断。在实际操作中，建议双方明确约定签证单的生效条件，并严格按照约定执行，以避免不必要的纠纷。如果您在工程款纠纷方面还有其他问题，可以直接向我咨询。