在施工合同中，无论是盖合同章还是公章，均具备法律效力，但具体选择应基于合同内容、公司惯例、双方协商结果以及当地建设行政主管部门的具体要求。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与效力分析
《民法典》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同时，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确了盖章行为在法律上的效力，但并未具体规定必须使用哪种类型的印章。
公章与合同章的法律地位：
- 公章：作为公司处理内外部事务的正式印鉴，公章具有广泛的法律效力，代表公司的整体意志。在施工合同上加盖公章，表明公司全面认可合同内容，并愿意承担合同义务。
- 合同章：专用于签订合同的印章，其使用范围相对特定于商业合同领域。在施工合同上加盖合同章，同样表明公司愿受合同条款约束，具有特定的证明作用。
施工合同中的具体应用与建议
备案要求：
- 建设行政主管部门通常不对施工合同备案时使用公章还是合同章作出强制要求。关键在于印章的真实性以及合同是否符合备案的其他条件，如内容完整、格式规范等。
实际操作建议：
- 首选合同章：在无特定要求的情况下，使用合同章能更明确地表达双方的合同意图，减少后续可能的争议。因为合同章专用于合同签订，更能体现合同的专业性和正式性。
- 公章亦有效：若公司仅设有公章或无特别要求，使用公章同样具有法律效力。但需确保公章的使用符合公司内部管理规定，避免因公章使用不当而引发的法律风险。
- 验证印章真实性：无论使用何种印章，都应严格核实其真实性和合法性。避免因假章或不合规盖章导致的合同纠纷，损害公司利益。
- 明确约定：建议在施工合同中明确盖章的方式和要求，包括印章类型、盖章位置等。这有助于减少未来可能出现的法律争议，确保合同的顺利履行。
- 遵守特殊规定：对于有特殊要求的施工合同或行业，务必遵循相关法律法规的规定，使用指定的印章或完成特定的盖章程序。例如，某些地区或项目可能要求必须使用公章进行备案或签订。
可能的法律后果与风险提示
- 印章使用不当：如果使用的印章不真实或不合规，可能导致合同无效或被撤销，给公司带来经济损失和法律风险。
- 未遵循备案要求：如果未按照当地建设行政主管部门的要求进行备案或盖章，可能影响合同的合法性和有效性，甚至面临行政处罚。
综上所述，在施工合同中盖合同章还是公章，应综合考虑法律规定、双方约定及实际情况。在确保印章真实性和合法性的前提下，根据合同内容、公司惯例和当地要求进行选择。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。