结论：公司因消防不合格被停业，员工是否有赔偿需分情况讨论，主要取决于停业原因、停业时长以及劳动合同的履行情况等因素。

1. 若公司因消防不合格被责令停业整顿，且停业时间较短，公司未与员工解除劳动合同

• 法律分析：在此情况下，公司虽然停业，但并未与员工解除劳动关系，员工仍属于公司的在职员工。根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。因此，公司应按照劳动合同约定的标准支付员工停业期间的工资。
• 建议：员工应保留好与公司的劳动合同以及停业期间的相关证据，如公司通知、停业公告等，以便在必要时维护自己的合法权益。

2. 若公司因消防不合格被责令停业，且停业时间较长，公司决定与员工解除劳动合同

• 法律分析：在此情况下，公司因自身原因（消防不合格）导致无法继续经营，进而决定与员工解除劳动合同，这属于《劳动合同法》中规定的“劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行”的情形。根据《劳动合同法》第四十条、第四十六条和第四十七条，公司应提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，并按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。
• 计算公式：经济补偿金 = 员工在本单位工作的年限 × 员工月工资（月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
• 建议：员工在收到公司解除劳动合同的通知后，应与公司协商经济补偿事宜，并保留好相关证据，如解除劳动合同通知书、工资单等，以便在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 若公司因消防不合格被责令停业，但公司未依法支付员工工资或经济补偿

• 法律分析：根据《劳动合同法》第八十五条，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。因此，如果公司未依法支付员工工资或经济补偿，员工可以向劳动行政部门投诉，要求公司支付相应的款项及赔偿金。
• 建议：员工在发现公司未依法支付工资或经济补偿时，应及时向劳动行政部门投诉，并保留好相关证据，如工资单、解除劳动合同通知书等，以便在投诉过程中提供有力的证明。

总结与进一步思考：公司因消防不合格被停业时，员工是否有赔偿需根据具体情况来判断。员工应了解自己的权益和法律途径，以便在必要时维护自己的合法权益。如果员工对公司停业期间的工资支付或经济补偿有疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。