停工留薪期间只发放底薪，在多数情况下是不合法的。员工在停工留薪期内应享受与原来相同的工资福利待遇，这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等各项收入，而不仅仅是底薪。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《工伤保险条例》第三十三条的明确规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个全面的概念，它涵盖了职工在正常出勤情况下所获得的全部收入。
二、分析说明
停工留薪期的定义：停工留薪期是指职工因工负伤或患职业病停止工作接受治疗并享受有关待遇的期限。在此期间，员工的工资和福利待遇不应受到影响，以确保其基本生活水平在治疗和恢复期间不受影响。
“原工资福利待遇不变”的含义：这一规定不仅指基本工资不变，还包括奖金、津贴、补贴等所有与工资相关的福利待遇都应保持不变。因此，如果用人单位在停工留薪期间仅支付底薪，而忽略了其他部分的收入，这显然违反了《工伤保险条例》的相关规定。
用人单位的义务：用人单位有义务按照法律规定，确保工伤员工在停工留薪期内获得全额的工资和福利待遇。如果用人单位未依法履行这一义务，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。
三、特殊情况的处理
虽然一般情况下停工留薪期间应发放全额工资和福利待遇，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动合同中有明确约定在停工留薪期间只支付基本工资，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可能只需按照合同约定支付基本工资。然而，这种情况较为罕见，且需满足严格的法律条件，如合同约定必须明确、合理，且不损害员工的合法权益。
四、劳动者的权益保护措施
如果发现用人单位在停工留薪期间仅发放底薪，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付足额的工伤工资。
收集证据：收集相关证据，如工伤认定决定书、医院诊断证明、劳动合同等，以便后续维权使用。
向劳动监察部门投诉：向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正其违法行为。
申请劳动仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径要求用人单位补足工资差额，并可能获得相应的经济补偿。
综上所述，停工留薪期间只发放底薪在大多数情况下是不合法的。员工应确保自己获得与原来相同的工资待遇，如遇单位违规操作，应积极采取措施维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。