结论：在合同清单数量变动且有双方盖章的结算单，但未签结算协议的情况下，是否可以支付需分情况讨论，主要取决于结算单的法律效力及双方的具体约定。

分析：

1. 结算单的法律效力：

   • 结算单作为双方对合同履行情况的一种确认，通常具有一定的法律效力。如果结算单上明确记载了合同清单数量的变动情况，并且双方均已盖章确认，那么这份结算单在法律上可以被视为双方对合同变更的认可。
   • 在此情况下，结算单可以作为支付款项的依据，即使双方未签订正式的结算协议。因为结算单本身已经包含了双方对合同变更和款项支付的共识。

2. 双方的具体约定：

   • 然而，是否可以仅凭结算单进行支付，还需考虑双方在合同中或结算单中是否有特别约定。例如，合同中可能规定“所有结算均需签订正式结算协议后方可支付”，或者结算单中可能注明“本结算单仅为初步确认，最终结算以双方签订的结算协议为准”。
   • 如果存在这样的特别约定，那么即使双方已经盖章确认了结算单，也可能需要进一步签订结算协议后才能支付款项。

3. 实际操作建议：

   • 在没有特别约定的情况下，如果结算单已经明确记载了合同清单数量的变动和应支付的款项，并且双方均已盖章确认，那么可以认为双方已经就合同变更和款项支付达成了共识，此时可以依据结算单进行支付。
   • 但为了确保交易的稳妥性，建议在支付前再次与对方确认结算单的内容，并保留好相关证据（如结算单、沟通记录等），以备不时之需。
   • 如果合同或结算单中有特别约定需要签订正式结算协议后才能支付，那么应遵守该约定，及时与对方签订结算协议后再进行支付。

可能的风险与后果：

• 如果未经对方同意或未按照约定擅自依据结算单进行支付，可能会引发纠纷或法律风险。例如，对方可能主张结算单并非最终结算依据，或者主张存在其他未结算的款项等。
• 因此，在处理此类情况时，务必谨慎行事，确保所有操作均符合法律法规和双方约定。

总结与建议：

在处理合同清单数量变动且有双方盖章结算单但未签结算协议的情况时，应首先审查结算单的法律效力和双方的具体约定。在没有特别约定的情况下，可以依据结算单进行支付；但如有特别约定，则应遵守约定及时签订结算协议后再进行支付。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询以获取更专业的法律意见。