关于工作时间跨自然日的年休假如何休的问题，这主要涉及到年休假的安排、计算以及特殊情况下的处理。以下是根据相关法规和政策，为您提供的详细解答：

一、年休假的基本安排原则

根据《企业职工带薪年休假实施办法》和《机关事业单位工作人员带薪年休假实施办法》，用人单位（包括企业、机关事业单位等）应根据生产、工作的具体情况，并考虑职工（或工作人员）本人意愿，统筹安排年休假。这意味着，年休假的具体安排需要兼顾工作需求和员工个人意愿。

二、年休假天数的计算

年休假天数是根据职工（或工作人员）的累计工作时间来确定的。对于新进用人单位的职工，如果符合连续工作满12个月以上的条件，其当年度年休假天数会按照在本单位剩余日历天数进行折算确定。折算方法为：（当年度在本单位剩余日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数。对于跨自然日的工作时间，这一折算方法同样适用。

三、跨自然日年休假的特殊情况处理

1. 因工作需要跨年度安排年休假：

   • 如果用人单位确因工作需要不能安排职工年休假，或者需要跨1个年度安排年休假的，应征得职工本人同意。这意味着，在特殊情况下，年休假可以跨越自然年度进行安排，但必须得到职工的明确同意。

2. 特殊工作任务导致的年休假调整：

   • 对于承担野外地质勘查、野外测绘、远洋科学考察、极地科学考察以及其他特殊工作任务的职工，如果所在单位不能在本年度安排其休年休假的，可以跨1个年度安排。这一规定主要针对特定行业或岗位的职工，确保他们在完成特殊任务后能够得到适当的休息。

四、年休假未休的补偿

如果用人单位经职工同意不安排年休假，或者安排年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这一规定确保了职工在未能享受年休假时能够得到相应的经济补偿。

五、实际操作建议

1. 提前规划：

   • 用人单位应提前与职工沟通，了解他们的年休假需求和计划，以便合理安排工作。

2. 灵活调整：

   • 在遇到特殊情况或工作任务调整时，用人单位应与职工协商，灵活调整年休假安排，确保既满足工作需求又保障职工权益。

3. 记录与确认：

   • 用人单位应详细记录职工的年休假安排和实际休假情况，并与职工进行确认，以避免后续争议。

综上所述，工作时间跨自然日的年休假安排需要遵循相关法规和政策，兼顾工作需求和职工个人意愿。在特殊情况下，可以跨年度安排年休假，但必须得到职工的明确同意，并确保职工在未能享受年休假时得到相应的经济补偿。