事业单位年度考核中，工伤职工的考核结果可以写合格，但需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 考核原则与工伤职工权益保护
   根据《事业单位工作人员考核规定》及《工伤保险条例》，考核应遵循客观公正、民主公开、注重实绩的原则。工伤职工在停工留薪期或因工伤导致工作能力受限的，单位不得因工伤降低其考核等级或取消评优资格。若工伤职工在考核周期内已履行基本工作职责（如通过调整岗位、远程办公等方式完成工作），且无重大过失，考核结果为合格是合理的。

2. 考核周期与工伤时间的关系

   • 工伤发生在考核周期内：若工伤导致职工长期缺勤（如超过考核周期的1/3），单位可能依据实际出勤情况调整考核标准，但需在规章制度中明确规定，并经职工代表大会或全体职工讨论通过。若单位未提前规定，直接评定为不合格可能涉嫌违法。
     
   • 工伤发生在考核周期外：若工伤不影响考核周期内的工作表现，则应按正常标准考核，工伤与考核结果无直接关联。

3. 特殊情形处理

   • 停工留薪期：根据《工伤保险条例》，职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变，单位不得以此为由降低考核等级。
     
   • 伤残等级评定后：若职工被鉴定为伤残等级（如五级至十级），单位应根据其身体状况安排适当工作，并不得因伤残降低考核标准。若职工无法从事原工作，单位可协商调整岗位，但考核应基于新岗位的工作表现。

4. 单位规章制度的合法性审查
   若单位规章制度中明确规定“工伤职工考核自动不合格”，该条款可能因违反《劳动合同法》第四条（用人单位制定规章制度需经民主程序并公示）及《工伤保险条例》的公平原则而被认定无效。职工可要求单位提供规章制度依据，或通过劳动仲裁主张权益。

建议：

• 职工可要求单位出具考核依据的书面文件，核对是否符合法律法规及内部规章制度；
  
• 若认为考核结果不公，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 单位应完善考核制度，明确工伤职工的考核标准（如按实际工作天数折算工作量），避免法律风险。
  

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