行政处罚重大案件集体讨论一般应由行政机关的负责人召集。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国行政处罚法》第五十七条第二款的规定：“对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，行政机关的负责人应当集体讨论决定。”这一条款明确了在特定情形下，行政处罚的决定程序需采取集体审议的方式，以确保决策的科学性和公正性。
二、召集主体
- 行政机关负责人：在行政处罚重大案件中，集体讨论的召集主体通常是行政机关的负责人，包括正职、副职领导等。他们负责组织、引导和决策集体讨论的过程，确保讨论的顺利进行和决策的合法性。
- 特定情况下的其他召集主体：虽然法律未明确规定其他召集主体，但在实际操作中，如果行政机关负责人因故无法召集，可能会由其授权的其他负责人或相关机构（如法制机构）代为召集。不过，这种情况应严格遵循行政机关的内部规定和程序。
三、集体讨论的程序与要求
- 启动条件：当办案机构认为案件属于“重大且复杂”，需要给予较重的行政处罚时，应提交书面建议及完整案卷材料，经法制审核机构初步审查后提出是否进入集体讨论程序的意见。
- 讨论程序：
- 主持人：由行政机关主要负责人或其授权的负责人主持会议。
- 参会人员：包括分管领导、业务部门负责人、法制审核人员等，必要时可邀请相关业务部门专家参与。
- 讨论内容：重点围绕违法事实认定、证据效力、法律适用依据及量罚合理性展开辩论。
- 决策与记录：
- 形成决议：集体讨论应形成决议，明确处罚种类、幅度及执行要求。决议需经多数成员同意，不同意见应如实记录备查。
- 制作会议纪要：详细记录讨论过程和结果，包括发言内容、讨论结果等，所有参与人员签名确认，以确保决策过程的可追溯性。
四、实践中的注意事项
- 确保召集主体的合法性：召集主体应具备相应的职权和资格，确保集体讨论的合法性和有效性。
- 遵循法定程序：集体讨论应严格遵循法定程序和规定，确保行政处罚的合法性和有效性。
- 保障参与人员的独立性：参与讨论的成员应保持独立性和客观性，不受外部因素干扰，以确保决策的公正性。
- 注重记录与存档：详细记录讨论过程和结果，并妥善存档备查，以备后续审查和监督。
举例说明：
假设某环保部门在调查一起企业违规排放污染物的案件时，发现该企业长期超标排放，导致周边环境严重污染。环保部门拟对该企业处以较大数额的罚款并责令停产整顿。由于该案涉及公共利益重大损害且罚款金额较高，环保部门决定组织集体讨论。在讨论过程中，法制机构指出需补充监测报告佐证污染范围；业务部门主张参考同类案件量罚标准；最终决议增加“限期修复生态环境”的附加义务。这一过程中，集体讨论的召集主体即为环保部门的负责人。
综上所述，行政处罚重大案件集体讨论应由行政机关的负责人召集，并遵循法定程序和要求进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。