员工工资由其他公司代发，在符合一定条件和程序的情况下是合法的，但存在诸多法律风险，需谨慎操作。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
有合法委托协议：
- 用人单位与代发工资的公司之间必须签订合法有效的委托代发协议。该协议应明确双方的权利和义务，包括代发的范围、标准、时间、保密责任等关键事项，并确保其内容符合国家法律法规的规定，不得损害劳动者的合法权益。例如，集团公司内部为统一财务管理，安排旗下关联公司代发工资，只要各方之间有明确的协议和清晰的财务记录，且符合法律法规要求，这种操作是合法的。
符合劳动法规和税务规定：
- 代发工资过程中应严格遵守劳动法律法规和税务规定，确保准确核算工资数额，并依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费等。例如，人力资源服务公司接受企业委托代发工资时，需按国家规定为员工足额缴纳社保和代扣个税。
具备相应资质：
- 代发工资的公司必须具备相应的资质和业务能力，如合法的支付牌照或人力资源服务许可，以确保工资的安全、准确发放。
可能存在的违法风险
逃避监管：
- 若代发工资旨在帮助委托公司逃避劳动监管，如隐瞒真实的劳动关系、规避最低工资标准、加班工资等法律规定，则此代发行为违法。此类行为剥夺了劳动者应有的劳动权益，用人单位和代发公司均可能面临法律制裁。
税务违规：
- 代发工资若涉及偷逃税款，如虚列工资支出、拆分工资以降低个税缴纳基数等，即违反了税收法律法规。例如，委托公司以较低的工资数额代发，而实际工资通过其他方式私下发放，这种行为即构成税务违法，用人单位和代发公司均需承担法律责任。
侵犯员工权益：
- 代发工资公司信誉不佳或存在经营风险，可能导致员工工资不能按时、足额发放。此外，工资核算、发放过程中出现纠纷时，主体关系复杂，员工难以明确责任主体，增加维权难度。
风险防范措施
选择正规平台：
- 用人单位在选择代发工资服务时，应评估第三方的信誉和服务质量，选择具有正规资质和良好信誉的第三方支付平台或人力资源服务机构进行合作。
加强监管与审计：
- 用人单位应定期对代发公司进行审计和监督，确保其合规运营，并及时发现和纠正可能存在的问题。例如，可以要求代发公司提供详细的工资发放记录和税务申报情况，以供核查。
确保工资支付准确及时：
- 用人单位应确保代发公司能够按时足额支付工资给劳动者，并定期对代发情况进行核查，以防止出现错误或延误。同时，应建立与员工的沟通机制，及时解答员工的疑虑和问题。
明确双方权利和义务：
- 在签订委托代发协议时，应明确双方的权利和义务，包括工资发放的时间、金额、方式等细节，以及违约责任和解决纠纷的方式方法。这有助于在出现问题时迅速定位责任主体并采取措施。
总结与建议：员工工资由其他公司代发在合法合规的前提下是可行的，但用人单位和代发公司均需严格遵守相关法律法规和合同约定，确保代发行为的合法性和安全性。若您在此过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。