公司超时加班将面临以下惩罚和法律责任：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第九十条及《劳动保障监察条例》第二十五条，公司若违反规定延长劳动者工作时间，劳动行政部门将给予警告，并责令改正。同时，公司还可能面临罚款，具体标准为按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算。这意味着，如果公司超时加班涉及多名劳动者，罚款数额将相应增加。

2. 民事赔偿责任：

   • 若公司长期安排超时加班，导致劳动者身体健康严重受损，如患病或其他伤害，劳动者有权要求公司承担相应的民事赔偿责任。赔偿范围包括但不限于医疗费、误工费、伤残赔偿金等。在司法实践中，劳动者需证明其健康损害与公司超时加班行为之间存在因果关系，以获得相应的赔偿。

3. 经济补偿与赔偿金：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，若公司因超时加班等违法行为导致劳动者解除劳动合同，公司需支付经济补偿。经济补偿的标准按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
   • 若公司违法解除劳动合同或未支付加班费等，还需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。此外，若公司逾期不支付劳动报酬或加班费，还需按应付金额百分之五十至百分之一百的标准加付赔偿金。

4. 工伤赔偿责任：

   • 若劳动者因超时加班发生工伤事故，公司需承担相应的工伤赔偿责任。这包括支付工伤医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。公司应依法为劳动者缴纳工伤保险，以减轻自身在工伤事故中的赔偿责任。

法律建议：

• 公司角度：公司应严格遵守工时制度，合理安排工作时间，确保劳动者的休息与健康。避免超时加班，不仅是为了遵守法律法规，更是为了维护公司的良好形象和劳动者的权益。
• 劳动者角度：劳动者应了解自己的合法权益，若发现公司存在超时加班等违法行为，应主动保留相关证据，如加班记录、邮件通知等。同时，劳动者可以向劳动监察部门投诉举报公司的违法行为，或通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自身合法权益。

举例说明：

假设某公司因生产需求，长期安排员工超时加班，且未支付加班费。一名员工因超时加班导致身体不适，需住院治疗。在此情况下，该员工不仅可以要求公司支付医疗费、误工费等民事赔偿，还可以向劳动监察部门投诉公司的违法行为。若公司因此被劳动行政部门警告并罚款，同时该员工因公司违法行为解除劳动合同，公司还需支付经济补偿和可能的赔偿金。

综上所述，公司超时加班将面临多方面的法律责任和惩罚。公司应严格遵守法律法规，合理安排工作时间；劳动者则应增强法律意识，积极维护自身权益。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。